BH13.13/glycodb

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目次

糖鎖データベース

糖鎖のRDF化

糖鎖の連携

メタボロームと糖鎖

2014/1/27

有田さんのフラボノイドのMolfileをWURCSへ変換(山田)。
現時点のWURCS精製プログラムでは、FLのMolfileの単糖の種類(立体)を考慮できない問題がある。

2014/1/28

フラボノイドのIDとWURCSをDBへ登録(山田)
結果:
1444種類のWURCSが生成確認(山田)
例)WURCS=1.0-BH13.13/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6
2635個のFLidが見つかった(山田)
3775個のFLidからWURCSが生成された(山田)


KAApSAcKデータの中の糖質を見つける(山田)
金谷さんのKNApSAcKの5万件のmolデータをMol2WURCSソフトでWURCSへ変換
結果:

KS_00Kmol~KS_08Kmol => OK
KS_09Kmolで以下の分子からWURCS生成に問題がありそう?(~343/1000)
http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00009344
KS_10Kmol~KS_33Kmol => OK
KS_34KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~52/1000)
http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00034052
KS_35KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~350/1000)
http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00035350
KS_36Kmol~KS_50Kmol => OK


メタボロームデータのアノテーションツールとしての可能性を検討

疾患と糖鎖

BCSDB(バクテリアが持つ糖鎖構造のDB)とPDO(感染症のオントロジー)との連携(新町、奥田)
BCSDBから、生物種と糖鎖構造、生物種とその疾患との関係を取得
BCSDBに登録されている疾患の記述とPDOの記述に対応付けを実施
半自動的にプログラムで対応を取った後、手作業ですべてチェック
疾患から糖鎖構造を推測するためのSPARQLの開発

メタゲノムと糖鎖

「疾患と糖鎖」で作成したスキームで、PDOを環境微生物の情報に置き換えて対応

糖鎖構造標準化

脂質


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個人用ツール