BH13.13/glycodb

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目次

糖鎖データベース

糖鎖のRDF化

糖鎖の連携

メタボロームと糖鎖

2014/1/27

有田さんのフラボノイドのMolfileをWURCSへ変換(山田)。
現時点のWURCS精製プログラムでは、FLのMolfileの単糖の種類(立体)を考慮できない問題がある。

2014/1/28

フラボノイドのIDとWURCSをDBへ登録(山田)
結果:
1444種類のWURCSが生成確認(山田)
例)WURCS=1.0-BH13.13/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6
2635個のFLidが見つかった(山田)
3775個のFLidからWURCSが生成された(山田)


KAApSAcKデータの中の糖質を見つける(山田)
ハッカソン中にMol2WURCSにKNApSAcKの5万件のmolデータを当ててみる。
結果:

KS_00Kmol~KS_08Kmol => OK
KS_09Kmolで以下の分子からWURCS生成に問題がありそう?
http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00009344
KS_10Kmol~KS_33Kmol => OK
KS_34KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。
http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00034052


メタボロームデータのアノテーションツールとしての可能性を検討

メタゲノムと糖鎖

糖鎖構造標準化

脂質


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