BH13.13/glycodb
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糖鎖データベース
糖鎖のRDF化
糖鎖の連携
メタボロームと糖鎖
2014/1/27
- 有田さんのフラボノイドのMolfileをWURCSへ変換（山田）。
- 現時点のWURCS精製プログラムでは、FLのMolfileの単糖の種類（立体）を考慮できない問題がある。
2014/1/28
- フラボノイドのIDとWURCSをDBへ登録（山田）
- 結果：
- 1444種類のWURCSが生成確認（山田）
- 例）WURCS=1.0-BH13.13/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6
- 例）WURCS=1.0-BH13.13/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6
- 2635個のFLidが見つかった（山田）
- 3775個のFLidからWURCSが生成された（山田）
- 1444種類のWURCSが生成確認（山田）
KAApSAcKデータの中の糖質を見つける（山田）
ハッカソン中にMol2WURCSにKNApSAcKの5万件のmolデータを当ててみる。
結果：
- KS_00Kmol~KS_08Kmol => OK
- KS_09Kmolで以下の分子からWURCS生成に問題がありそう？
- KS_10Kmol~KS_33Kmol => OK
- KS_34KmolでWURCS生成に時間がかかっている
- KS_34KmolでWURCS生成に時間がかかっている
- KS_00Kmol~KS_08Kmol => OK
メタボロームデータのアノテーションツールとしての可能性を検討
メタゲノムと糖鎖
糖鎖構造標準化
脂質
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