BH13.13/glycodb

提供:TogoWiki

(版間での差分)
移動: 案内, 検索
(メタボロームと糖鎖)
(メタボロームと糖鎖)
17行: 17行:
===メタボロームと糖鎖===
===メタボロームと糖鎖===
'''目的'''<br>
'''目的'''<br>
-
:金谷Gの糖質が含まれる可能性のある低分子データをMolfile形式からMolfileToWURCSソフトでWURCSに変換し、どの程度糖質が含まれるか調査すると同時に、MolfileToWURCSソフトのデバッグを実施する。<br>
+
:金谷Gの糖質が含まれる可能性のある低分子データ(フラボノイド、KNApSAcK)をMolfile形式からMolfileToWURCSソフトでWURCSに変換し、どの程度糖質が含まれるか調査すると同時に、MolfileToWURCSソフトのデバッグを実施する。<br>
'''2014/1/27'''<br>
'''2014/1/27'''<br>
:有田さんのフラボノイド(FL)のMolfileをWURCSへ変換(Molfile: 有田→山田)。<br>
:有田さんのフラボノイド(FL)のMolfileをWURCSへ変換(Molfile: 有田→山田)。<br>
29行: 29行:
:::例)WURCS=1.0-BH13.13/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6<br>
:::例)WURCS=1.0-BH13.13/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6<br>
:::::”-BH13.13”の文字列は、BH13.13用に追加した文字列で、本来の形式は、"WURCS=1.0/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6" です。<br>
:::::”-BH13.13”の文字列は、BH13.13用に追加した文字列で、本来の形式は、"WURCS=1.0/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6" です。<br>
-
 
+
<br>
[http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK/ KAApSAcK]データの中の糖質を見つける(山田)<br>
[http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK/ KAApSAcK]データの中の糖質を見つける(山田)<br>
金谷さんのKNApSAcKの5万件のmolデータをMol2WURCSソフトでWURCSへ変換(Molfile: 金谷→山田)<br>
金谷さんのKNApSAcKの5万件のmolデータをMol2WURCSソフトでWURCSへ変換(Molfile: 金谷→山田)<br>

2014年1月29日 (水) 15:09時点における版

目次

糖鎖データベース

糖鎖のRDF化

  • プロテイン名からUniprotのIDを調べるSPARQL

エンドポイントURL: http://beta.sparql.uniprot.org/

SELECT ?uniprot_id 
WHERE
{
 ?id ?label "ConA" .
 ?uniprot_id ?p ?id .
 ?uniprot_id a <http://purl.uniprot.org/core/Protein>
}

糖鎖の連携

メタボロームと糖鎖

目的

金谷Gの糖質が含まれる可能性のある低分子データ(フラボノイド、KNApSAcK)をMolfile形式からMolfileToWURCSソフトでWURCSに変換し、どの程度糖質が含まれるか調査すると同時に、MolfileToWURCSソフトのデバッグを実施する。

2014/1/27

有田さんのフラボノイド(FL)のMolfileをWURCSへ変換(Molfile: 有田→山田)。
現時点のWURCS生成プログラムでは、FLの表記法によりMolfileの単糖の種類(立体)を考慮できない問題がある。

2014/1/28

フラボノイドIDとWURCSをDBへ登録(山田)
結果:
2635個のフラボノイドIDが見つかった(山田)
3775個のWURCS(糖質)が生成された(山田)
1444種類のWURCS(糖質)が生成(山田)
例)WURCS=1.0-BH13.13/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6
”-BH13.13”の文字列は、BH13.13用に追加した文字列で、本来の形式は、"WURCS=1.0/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6" です。


KAApSAcKデータの中の糖質を見つける(山田)
金谷さんのKNApSAcKの5万件のmolデータをMol2WURCSソフトでWURCSへ変換(Molfile: 金谷→山田)
結果:

KS_00Kmol~KS_08Kmol => OK
KS_09Kmolで以下の分子からWURCS生成に問題がありそう?
http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00009344
KS_09Kmolは、C00009344以外はOK(~999)
KS_10Kmol~KS_33Kmol => OK
KS_34KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~52/1000)
http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00034052
KS_35KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~350/1000)
http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00035350
KS_36Kmol~KS_50Kmol => OK

2014/1/29

KS_34Kmolは、C00034052は2時間30分でWURCS生成できた。
KS_35Kmolは、C00035350は1時間以内でWURCS生成できた。
KS_09Kmolの、C00009344は2時間30分でWURCS生成できた。


結果:

KNApSAcKのMolfileをすべてWURCSへ変換することができた。


メタボロームデータのアノテーションツールとしての可能性を検討

疾患と糖鎖

BCSDB(バクテリアが持つ糖鎖構造のDB)とPDO(感染症のオントロジー)との連携(新町、奥田)
BCSDBから、生物種と糖鎖構造、生物種とその疾患との関係を取得
BCSDBに登録されている疾患の記述とPDOの記述に対応付けを実施
半自動的にプログラムで対応を取った後、手作業ですべてチェック
疾患から糖鎖構造を推測するためのSPARQLの開発 <- 今ここ

メタゲノムと糖鎖

「疾患と糖鎖」で作成したスキームで、PDOを環境微生物の情報に置き換えて対応

糖鎖構造標準化

脂質


back to BH13.13

個人用ツール