BH13.13/glycodb
提供:TogoWiki
(版間での差分)
(→メタボロームと糖鎖) |
(→メタボロームと糖鎖) |
||
17行: | 17行: | ||
===メタボロームと糖鎖=== | ===メタボロームと糖鎖=== | ||
'''目的'''<br> | '''目的'''<br> | ||
- | + | :金谷Gの糖質が含まれる可能性のある低分子データをMolfile形式からMolfileToWURCSソフトでWURCSに変換し、どの程度糖質が含まれるか調査すると同時に、MolfileToWURCSソフトのデバッグを実施する。<br> | |
'''2014/1/27'''<br> | '''2014/1/27'''<br> | ||
:有田さんのフラボノイド(FL)のMolfileをWURCSへ変換(Molfile: 有田→山田)。<br> | :有田さんのフラボノイド(FL)のMolfileをWURCSへ変換(Molfile: 有田→山田)。<br> | ||
- | : | + | :現時点のWURCS生成プログラムでは、FLの表記法によりMolfileの単糖の種類(立体)を考慮できない問題がある。<br> |
'''2014/1/28'''<br> | '''2014/1/28'''<br> | ||
- | : | + | :フラボノイドIDとWURCSをDBへ登録(山田)<br> |
:結果:<br> | :結果:<br> | ||
- | :: | + | ::2635個のフラボノイドIDが見つかった(山田)<br> |
+ | ::3775個のWURCS(糖質)が生成された(山田)<br> | ||
+ | ::1444種類のWURCS(糖質)が生成(山田)<br> | ||
:::例)WURCS=1.0-BH13.13/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6<br> | :::例)WURCS=1.0-BH13.13/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6<br> | ||
- | :: | + | :::::”-BH13.13”の文字列は、BH13.13用に追加した文字列で、本来の形式は、"WURCS=1.0/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6" です。<br> |
- | :: | + | |
- | + | ||
[http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK/ KAApSAcK]データの中の糖質を見つける(山田)<br> | [http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK/ KAApSAcK]データの中の糖質を見つける(山田)<br> |
2014年1月29日 (水) 15:04時点における版
目次 |
糖鎖データベース
糖鎖のRDF化
- プロテイン名からUniprotのIDを調べるSPARQL
エンドポイントURL: http://beta.sparql.uniprot.org/
SELECT ?uniprot_id WHERE { ?id ?label "ConA" . ?uniprot_id ?p ?id . ?uniprot_id a <http://purl.uniprot.org/core/Protein> }
糖鎖の連携
メタボロームと糖鎖
目的
- 金谷Gの糖質が含まれる可能性のある低分子データをMolfile形式からMolfileToWURCSソフトでWURCSに変換し、どの程度糖質が含まれるか調査すると同時に、MolfileToWURCSソフトのデバッグを実施する。
2014/1/27
- 有田さんのフラボノイド(FL)のMolfileをWURCSへ変換(Molfile: 有田→山田)。
- 現時点のWURCS生成プログラムでは、FLの表記法によりMolfileの単糖の種類(立体)を考慮できない問題がある。
2014/1/28
- フラボノイドIDとWURCSをDBへ登録(山田)
- 結果:
- 2635個のフラボノイドIDが見つかった(山田)
- 3775個のWURCS(糖質)が生成された(山田)
- 1444種類のWURCS(糖質)が生成(山田)
- 例)WURCS=1.0-BH13.13/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6
- ”-BH13.13”の文字列は、BH13.13用に追加した文字列で、本来の形式は、"WURCS=1.0/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6" です。
- ”-BH13.13”の文字列は、BH13.13用に追加した文字列で、本来の形式は、"WURCS=1.0/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6" です。
- 例)WURCS=1.0-BH13.13/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6
- 2635個のフラボノイドIDが見つかった(山田)
KAApSAcKデータの中の糖質を見つける(山田)
金谷さんのKNApSAcKの5万件のmolデータをMol2WURCSソフトでWURCSへ変換(Molfile: 金谷→山田)
結果:
- KS_00Kmol~KS_08Kmol => OK
- KS_09Kmolで以下の分子からWURCS生成に問題がありそう?
- http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00009344
- KS_09Kmolは、C00009344以外はOK(~999)
- http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00009344
- KS_10Kmol~KS_33Kmol => OK
- KS_34KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~52/1000)
- KS_35KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~350/1000)
- KS_34KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~52/1000)
- KS_36Kmol~KS_50Kmol => OK
- KS_00Kmol~KS_08Kmol => OK
2014/1/29
- KS_34Kmolは、C00034052は2時間30分でWURCS生成できた。
- KS_35Kmolは、C00035350は1時間以内でWURCS生成できた。
- KS_09Kmolの、C00009344は2時間30分でWURCS生成できた。
- KS_34Kmolは、C00034052は2時間30分でWURCS生成できた。
結果:
- KNApSAcKのMolfileをすべてWURCSへ変換することができた。
- KNApSAcKのMolfileをすべてWURCSへ変換することができた。
メタボロームデータのアノテーションツールとしての可能性を検討
疾患と糖鎖
- BCSDB(バクテリアが持つ糖鎖構造のDB)とPDO(感染症のオントロジー)との連携(新町、奥田)
- BCSDBから、生物種と糖鎖構造、生物種とその疾患との関係を取得
- BCSDBに登録されている疾患の記述とPDOの記述に対応付けを実施
- 半自動的にプログラムで対応を取った後、手作業ですべてチェック
- 疾患から糖鎖構造を推測するためのSPARQLの開発 <- 今ここ
メタゲノムと糖鎖
- 「疾患と糖鎖」で作成したスキームで、PDOを環境微生物の情報に置き換えて対応
糖鎖構造標準化
脂質
back to BH13.13