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（版間での差分）

2014年1月29日 (水) 15:04時点における版

糖鎖データベース

糖鎖のRDF化

プロテイン名からUniprotのIDを調べるSPARQL

エンドポイントURL: http://beta.sparql.uniprot.org/

SELECT ?uniprot_id 
WHERE
{
 ?id ?label "ConA" .
 ?uniprot_id ?p ?id .
 ?uniprot_id a <http://purl.uniprot.org/core/Protein>
}

糖鎖の連携

メタボロームと糖鎖

目的

金谷Gの糖質が含まれる可能性のある低分子データをMolfile形式からMolfileToWURCSソフトでWURCSに変換し、どの程度糖質が含まれるか調査すると同時に、MolfileToWURCSソフトのデバッグを実施する。

2014/1/27

有田さんのフラボノイド（FL）のMolfileをWURCSへ変換（Molfile: 有田→山田）。

現時点のWURCS生成プログラムでは、FLの表記法によりMolfileの単糖の種類（立体）を考慮できない問題がある。

2014/1/28

フラボノイドIDとWURCSをDBへ登録（山田）

結果：

2635個のフラボノイドIDが見つかった（山田）

3775個のWURCS（糖質）が生成された（山田）

1444種類のWURCS（糖質）が生成（山田）

例）WURCS=1.0-BH13.13/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6

”-BH13.13”の文字列は、BH13.13用に追加した文字列で、本来の形式は、"WURCS=1.0/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6"　です。

KAApSAcKデータの中の糖質を見つける（山田）
金谷さんのKNApSAcKの5万件のmolデータをMol2WURCSソフトでWURCSへ変換（Molfile: 金谷→山田）
結果：

KS_00Kmol~KS_08Kmol => OK

KS_09Kmolで以下の分子からWURCS生成に問題がありそう？

http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00009344

KS_09Kmolは、C00009344以外はOK(~999)

KS_10Kmol~KS_33Kmol => OK

KS_34KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~52/1000)

http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00034052

KS_35KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~350/1000)

http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00035350

KS_36Kmol~KS_50Kmol => OK

2014/1/29

KS_34Kmolは、C00034052は２時間３０分でWURCS生成できた。

KS_35Kmolは、C00035350は１時間以内でWURCS生成できた。

KS_09Kmolの、C00009344は２時間３０分でWURCS生成できた。

結果：

KNApSAcKのMolfileをすべてWURCSへ変換することができた。

メタボロームデータのアノテーションツールとしての可能性を検討

疾患と糖鎖

BCSDB（バクテリアが持つ糖鎖構造のDB）とPDO（感染症のオントロジー）との連携（新町、奥田）

BCSDBから、生物種と糖鎖構造、生物種とその疾患との関係を取得

BCSDBに登録されている疾患の記述とPDOの記述に対応付けを実施

半自動的にプログラムで対応を取った後、手作業ですべてチェック

疾患から糖鎖構造を推測するためのSPARQLの開発 <- 今ここ

メタゲノムと糖鎖

「疾患と糖鎖」で作成したスキームで、PDOを環境微生物の情報に置き換えて対応

糖鎖構造標準化

脂質

back to BH13.13

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 ===メタボロームと糖鎖===
 '''目的'''<br>
-::金谷Gの糖質が含まれる可能性のある低分子データをMolfile形式からMolfileToWURCSソフトでWURCSに変換し、どの程度糖質が含まれるか調査すると同時に、MolfileToWURCSソフトのデバッグを実施する。<br>
+:金谷Gの糖質が含まれる可能性のある低分子データをMolfile形式からMolfileToWURCSソフトでWURCSに変換し、どの程度糖質が含まれるか調査すると同時に、MolfileToWURCSソフトのデバッグを実施する。<br>
 '''2014/1/27'''<br>
 :有田さんのフラボノイド（FL）のMolfileをWURCSへ変換（Molfile: 有田→山田）。<br>
-:現時点のWURCS精製プログラムでは、FLのMolfileの単糖の種類（立体）を考慮できない問題がある。<br>
+:現時点のWURCS生成プログラムでは、FLの表記法によりMolfileの単糖の種類（立体）を考慮できない問題がある。<br>
 '''2014/1/28'''<br>
-:フラボノイドのIDとWURCSをDBへ登録（山田）<br>
+:フラボノイドIDとWURCSをDBへ登録（山田）<br>
 :結果：<br>
-::1444種類のWURCSが生成確認（山田）<br>
+::2635個のフラボノイドIDが見つかった（山田）<br>
+::3775個のWURCS（糖質）が生成された（山田）<br>
+::1444種類のWURCS（糖質）が生成（山田）<br>
 :::例）WURCS=1.0-BH13.13/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6<br>
-::2635個のFLidが見つかった（山田）<br>
+:::::”-BH13.13”の文字列は、BH13.13用に追加した文字列で、本来の形式は、"WURCS=1.0/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6"　です。<br>
-::3775個のFLidからWURCSが生成された（山田）<br>
 [http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK/ KAApSAcK]データの中の糖質を見つける（山田）<br>

BH13.13/glycodb