BH13.13/glycodb
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'''2014/1/27'''<br> | '''2014/1/27'''<br> | ||
:有田さんのフラボノイド（FL）のMolfileをWURCSへ変換（Molfile: 有田→山田）。<br> | :有田さんのフラボノイド（FL）のMolfileをWURCSへ変換（Molfile: 有田→山田）。<br> | ||
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:::KS_34KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~52/1000)<br> | :::KS_34KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~52/1000)<br> | ||
::::http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00034052<br> | ::::http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00034052<br> | ||
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:::KS_35KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~350/1000)<br> | :::KS_35KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~350/1000)<br> | ||
::::http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00035350<br> | ::::http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00035350<br> | ||
::KS_36Kmol~KS_50Kmol => OK<br> | ::KS_36Kmol~KS_50Kmol => OK<br> | ||
'''2014/1/29'''<br> | '''2014/1/29'''<br> | ||
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2014年1月28日 (火) 22:25時点における版
目次 |
糖鎖データベース
糖鎖のRDF化
糖鎖の連携
メタボロームと糖鎖
目的
金谷Gの糖質が含まれる可能性のある低分子データをMolfile形式からMolfileToWURCSソフトでWURCSに変換し、どの程度糖質が含まれるか調査すると同時に、MolfileToWURCSソフトのデバッグを実施する。
2014/1/27
- 有田さんのフラボノイド（FL）のMolfileをWURCSへ変換（Molfile: 有田→山田）。
- 現時点のWURCS精製プログラムでは、FLのMolfileの単糖の種類（立体）を考慮できない問題がある。
2014/1/28
- フラボノイドのIDとWURCSをDBへ登録（山田）
- 結果：
- 1444種類のWURCSが生成確認（山田）
- 例）WURCS=1.0-BH13.13/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6
- 例）WURCS=1.0-BH13.13/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6
- 2635個のFLidが見つかった（山田）
- 3775個のFLidからWURCSが生成された（山田）
- 1444種類のWURCSが生成確認（山田）
KAApSAcKデータの中の糖質を見つける（山田）
金谷さんのKNApSAcKの5万件のmolデータをMol2WURCSソフトでWURCSへ変換（Molfile: 金谷→山田）
結果：
- KS_00Kmol~KS_08Kmol => OK
- KS_09Kmolで以下の分子からWURCS生成に問題がありそう？
- http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00009344
- KS_09Kmolは、C00009344以外はOK(~999)
- http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00009344
- KS_10Kmol~KS_33Kmol => OK
- KS_34KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~52/1000)
- KS_35KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~350/1000)
- KS_34KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~52/1000)
- KS_36Kmol~KS_50Kmol => OK
- KS_00Kmol~KS_08Kmol => OK
2014/1/29
- KS_34Kmolは、C00034052以外はOK(~999)
- KS_35Kmolは、C00035350は以外はOK(~999)
- KS_34Kmolは、C00034052以外はOK(~999)
メタボロームデータのアノテーションツールとしての可能性を検討
疾患と糖鎖
- BCSDB（バクテリアが持つ糖鎖構造のDB）とPDO（感染症のオントロジー）との連携（新町、奥田）
- BCSDBから、生物種と糖鎖構造、生物種とその疾患との関係を取得
- BCSDBに登録されている疾患の記述とPDOの記述に対応付けを実施
- 半自動的にプログラムで対応を取った後、手作業ですべてチェック
- 疾患から糖鎖構造を推測するためのSPARQLの開発
メタゲノムと糖鎖
- 「疾患と糖鎖」で作成したスキームで、PDOを環境微生物の情報に置き換えて対応
糖鎖構造標準化
脂質
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