BH13.13/glycodb
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2014年1月28日 (火) 07:20時点における版
目次 |
糖鎖データベース
糖鎖のRDF化
糖鎖の連携
メタボロームと糖鎖
2014/1/27
- 有田さんのフラボノイドのMolfileをWURCSへ変換(山田)。
- 現時点のWURCS精製プログラムでは、FLのMolfileの単糖の種類(立体)を考慮できない問題がある。
2014/1/28
- フラボノイドのIDとWURCSをDBへ登録(山田)
- 結果:
- 1444種類のWURCSが生成確認(山田)
- 例)WURCS=1.0-BH13.13/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6
- 例)WURCS=1.0-BH13.13/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6
- 2635個のFLidが見つかった(山田)
- 3775個のFLidからWURCSが生成された(山田)
- 1444種類のWURCSが生成確認(山田)
KAApSAcKデータの中の糖質を見つける(山田)
ハッカソン中にMol2WURCSにKNApSAcKの5万件のmolデータを当ててみる。
結果:
- KS_00Kmol~KS_08Kmol => OK
- KS_09Kmolで以下の分子からWURCS生成に問題がありそう?(~343/1000)
- KS_10Kmol~KS_33Kmol => OK
- KS_34KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~52/1000)
- http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00034052
- KS_35KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~350/1000)
- http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00035350
- KS_34KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~52/1000)
- KS_00Kmol~KS_08Kmol => OK
メタボロームデータのアノテーションツールとしての可能性を検討
メタゲノムと糖鎖
糖鎖構造標準化
脂質
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