2014年1月28日 (火) 07:20時点における版

糖鎖データベース

2014/1/27

有田さんのフラボノイドのMolfileをWURCSへ変換（山田）。

現時点のWURCS精製プログラムでは、FLのMolfileの単糖の種類（立体）を考慮できない問題がある。

2014/1/28

フラボノイドのIDとWURCSをDBへ登録（山田）

結果：

1444種類のWURCSが生成確認（山田）

例）WURCS=1.0-BH13.13/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6

2635個のFLidが見つかった（山田）

3775個のFLidからWURCSが生成された（山田）

KAApSAcKデータの中の糖質を見つける（山田）
ハッカソン中にMol2WURCSにKNApSAcKの5万件のmolデータを当ててみる。
結果：

KS_00Kmol~KS_08Kmol => OK

KS_09Kmolで以下の分子からWURCS生成に問題がありそう？(~343/1000)

KS_10Kmol~KS_33Kmol => OK

KS_34KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~52/1000)

KS_35KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~350/1000)

メタボロームデータのアノテーションツールとしての可能性を検討

back to BH13.13

@@ 22行： / 22行： @@
 結果：<br>
 ::KS_00Kmol~KS_08Kmol => OK<br>
-::KS_09Kmolで以下の分子からWURCS生成に問題がありそう？<br>
+::KS_09Kmolで以下の分子からWURCS生成に問題がありそう？(~343/1000)<br>
 :::http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00009344<br>
 ::KS_10Kmol~KS_33Kmol => OK<br>
-:::KS_34KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。<br>
+:::KS_34KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~52/1000)<br>
 :::http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00034052<br>
-:::KS_35KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。<br>
+:::KS_35KmolでWURCS生成に時間がかかっているので強制終了。(~350/1000)<br>
 :::http://kanaya.naist.jp/knapsack_jsp/information.jsp?word=C00035350<br>
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