BH13.13/glycodb

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(メタボロームと糖鎖)
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===メタボロームと糖鎖===
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有田さんのフラボノイドのMolfileをWURCSへ変換(山田)。<br><br>
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現時点のWURCS精製プログラムでは、FLのMolfileの糖の立体を考慮できない問題がある。<br>
(2014/1/28)<br>
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フラボノイドのIDとWURCSをDBへ登録(山田)<br>
フラボノイドのIDとWURCSをDBへ登録(山田)<br>

2014年1月28日 (火) 03:08時点における版

目次

糖鎖データベース

糖鎖のRDF化

糖鎖の連携

メタボロームと糖鎖

(2014/1/27)
有田さんのフラボノイドのMolfileをWURCSへ変換(山田)。
現時点のWURCS精製プログラムでは、FLのMolfileの糖の立体を考慮できない問題がある。
(2014/1/28)
フラボノイドのIDとWURCSをDBへ登録(山田)
結果:
1444種類のWURCSが生成確認(山田)
例)WURCS=1.0-BH13.13/2,1/[1X1Xh|1,5|3*OCC/3=O][1X12Xh|1,5]1+1,2+6
FLidは、2635個見つかった。(山田)

KAApSAcKデータの中の糖質を見つける(山田)
ハッカソン中にMol2WURCSにKNApSAcKの最初の1千個(5万件のmolデータ)を当ててみる。
結果:

メタボロームデータのアノテーションツールとしての可能性を検討

メタゲノムと糖鎖

糖鎖構造標準化

脂質


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