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==ルール==
==ルール==
*化合物のRDF,DBには、IUPACの IUPAC International Chemical Identifie(InChI)とInChIKeyを割り当てる。
*化合物のRDF,DBには、IUPACの IUPAC International Chemical Identifie(InChI)とInChIKeyを割り当てる。
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*その際、バージョンがあるので、Std. InChIおよびStd. InChIKeyを利用する。
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*バージョンが幾つかあるので、Std. InChIおよびStd. InChIKeyを利用する。
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==Standard を確認しましょう!==
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==Standardの確認==
*InChIの場合:"InChI=1S/"が文字列の最初にあります。
*InChIの場合:"InChI=1S/"が文字列の最初にあります。
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==例[http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.106391.html]==
==例[http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.106391.html]==
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2-Amino-2-deoxy-4-O-β-D-galactopyranosyl-D-glucose
*Std. InChI:
*Std. InChI:
**InChI=1S/C12H23NO10/c13-4(1-14)7(18)11(5(17)2-15)23-12-10(21)9(20)8(19)6(3-16)22-12/h1,4-12,15-21H,2-3,13H2/t4-,5+,6+,7+,8-,9-,10+,11+,12-/m0/s1
**InChI=1S/C12H23NO10/c13-4(1-14)7(18)11(5(17)2-15)23-12-10(21)9(20)8(19)6(3-16)22-12/h1,4-12,15-21H,2-3,13H2/t4-,5+,6+,7+,8-,9-,10+,11+,12-/m0/s1
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==参考==
==参考==
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IUPAC/InChI[http://www.iupac.org/home/publications/e-resources/inchi.html]
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*IUPAC/InChI[http://www.iupac.org/home/publications/e-resources/inchi.html]
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InChI Software Downloads[http://www.inchi-trust.org/downloads/]
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*InChI Software Downloads[http://www.inchi-trust.org/downloads/]
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Tautomer Identification and Tautomer Structure Generation Based on the InChI Code[http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ci1001179]
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*Tautomer Identification and Tautomer Structure Generation Based on the InChI Code[http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ci1001179]
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New Benchmark for Chemical Nomenclature Software[http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci3000419]
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*New Benchmark for Chemical Nomenclature Software[http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci3000419]
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実務者連絡会 化合物オントロジー検討会議 議事録[http://wg.biosciencedbc.jp/dokuwiki/doku.php?id=%E5%AE%9F%E5%8B%99%E8%80%85%E9%80%A3%E7%B5%A1%E4%BC%9A_%E5%8C%96%E5%90%88%E7%89%A9%E3%82%AA%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%AD%E3%82%B8%E3%83%BC%E6%A4%9C%E8%A8%8E%E4%BC%9A%E8%AD%B0_%E8%AD%B0%E4%BA%8B%E9%8C%B2_2011%E5%B9%B411%E6%9C%8811%E6%97%A5]
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*実務者連絡会 化合物オントロジー検討会議 議事録[http://wg.biosciencedbc.jp/dokuwiki/doku.php?id=%E5%AE%9F%E5%8B%99%E8%80%85%E9%80%A3%E7%B5%A1%E4%BC%9A_%E5%8C%96%E5%90%88%E7%89%A9%E3%82%AA%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%AD%E3%82%B8%E3%83%BC%E6%A4%9C%E8%A8%8E%E4%BC%9A%E8%AD%B0_%E8%AD%B0%E4%BA%8B%E9%8C%B2_2011%E5%B9%B411%E6%9C%8811%E6%97%A5]
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chemspider[http://www.chemspider.com/]
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*chemspider[http://www.chemspider.com/]

2012年12月20日 (木) 08:53時点における版

化合物グループ

目次

ルール

  • 化合物のRDF,DBには、IUPACの IUPAC International Chemical Identifie(InChI)とInChIKeyを割り当てる。
  • バージョンが幾つかあるので、Std. InChIおよびStd. InChIKeyを利用する。

Standardの確認

  • InChIの場合:"InChI=1S/"が文字列の最初にあります。
  • InChIKeyの場合:文字数の確認

[1]

2-Amino-2-deoxy-4-O-β-D-galactopyranosyl-D-glucose

  • Std. InChI:
    • InChI=1S/C12H23NO10/c13-4(1-14)7(18)11(5(17)2-15)23-12-10(21)9(20)8(19)6(3-16)22-12/h1,4-12,15-21H,2-3,13H2/t4-,5+,6+,7+,8-,9-,10+,11+,12-/m0/s1
  • Std. InChIKey:
    • LAVNEPYDFKGEOD-JVCRWLNRSA-N

問題点

  • 自由に利用できるユニークな化合物IDを格納した 化合物統合データベース がない。

参考

  • IUPAC/InChI[2]
  • InChI Software Downloads[3]
  • Tautomer Identification and Tautomer Structure Generation Based on the InChI Code[4]
  • New Benchmark for Chemical Nomenclature Software[5]
  • 実務者連絡会 化合物オントロジー検討会議 議事録[6]
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