BH12.12/SPARQLthon11

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BH12.12 BioHackathon 2013 をうけて、ゲノム情報の RDF 化を行なっているグループを中心に、これまでに生成・ストアしたデータを SPARQL しまくりスタンザ生成に必要なデータを検索するためのノウハウと不足データの洗い出しを行う、第11回 SPARQLthon を開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間:2013年8月20日(火) 10:00 〜 21日(水) 18:00
  • 開催場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 4階 415 (教室)

開催目的

  • SPARQL 言語スキルの向上と経験の共有
  • SPARQL Results のハンドリングと可視化技術
  • RDF の設計と生成
  • オントロジーの開発
  • トリプルストアの調査と運用
  • アプリケーションのマッシュアップ
  • デザインと UI の調整

プロジェクト

  • TogoGenome
    • 全文検索
    • IDマッパー
    • エンドポイント更新(グラフ構成など)
    • 生物種リスト、遺伝子リスト
  • TogoStanza
    • 名前/順序整理
    • オーソログスタンザ MBGD
    • パスウェイなど機能分類で遺伝子セットのグルーピング
    • JBrowse スタンザ
    • Nanopublication スタンザ
  • EdgeStore
    • Identifiers.org miriam.collection, miriam.resource
  • Ontology開発
    • 培地 LOD, GMO
    • Reaction Ontology
  • DDBJ
    • BCT division からの product の definition を抽出、GenomeRefine / TogoAnnotator用の辞書作り
    • INSDC オントロジー + UBSID のリファイン → コンバータ v7
    • DDBJ/RDF利用 → BCT division からの product の definition を抽出、GenomeRefine / TogoAnnotator用の辞書作り
  • GenomeRefine
  • MicrobeDB
    • Human meta bodymap
    • グラフ整理
  • BH12.12/SPARQL11test SPARQL1.1対応状況調査
  • Virtuoso/PL
  • SPARQL/DAS

参考リンク

参加者

  • 片山俊明(DBCLS)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 川島秀一(DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 櫻井 望 (かずさ)※20日だけ
  • 竹原潤一(東工大)
  • 永野朗夫(PENQE)
  • 大田達郎(DBCLS)
  • 山中遼太(先端研)
  • 千葉啓和(基生研)
  • 小澤健太郎 (SGI)
  • 岡本忍(DBCLS)
  • 森宙史 (東工大)
  • 西出浩世 (基生研)
  • 小寺正明 (京大)
  • 山本泰智(DBCLS)
個人用ツール