BH12.12/GGGenome

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* システムは内藤が開発しているRefSeqの全文検索システム [http://GGRNA.dbcls.jp/ GGRNA] の流用
* システムは内藤が開発しているRefSeqの全文検索システム [http://GGRNA.dbcls.jp/ GGRNA] の流用
* 名称はGGRNAを s/RNA/Genome/ したもの → GGGenome (ゲゲゲノム)
* 名称はGGRNAを s/RNA/Genome/ したもの → GGGenome (ゲゲゲノム)
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* データセットはヒト、マウス、ラット、ハエ、線虫の各ゲノム配列 + RefSeq mRNA。
 
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** DDBJ 89.0→かなり大きいのでスピードが出ない
 
== 開発の動機 ==
== 開発の動機 ==
ゲノムRDFやINSDC/DDBJオントロジーのプロジェクトと連携して、塩基配列(の断片)を扱える仕組みをつくれないか?
ゲノムRDFやINSDC/DDBJオントロジーのプロジェクトと連携して、塩基配列(の断片)を扱える仕組みをつくれないか?

2012年12月21日 (金) 07:21時点における版

目次

テーマ

ゲノム等の塩基配列検索に特化したサービス GGGenome の構築

  • システムは内藤が開発しているRefSeqの全文検索システム GGRNA の流用
  • 名称はGGRNAを s/RNA/Genome/ したもの → GGGenome (ゲゲゲノム)

開発の動機

ゲノムRDFやINSDC/DDBJオントロジーのプロジェクトと連携して、塩基配列(の断片)を扱える仕組みをつくれないか?

概要

GGGenome (http://GGRNA.dbcls.jp/GGGenome/) のトップページを参照。

BH12.12での作業

メンバー

  • 内藤
個人用ツール