BH12.12/GGGenome

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== テーマ ==
== テーマ ==
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ゲノム等の塩基配列検索に特化したサービス [http://GGRNA.dbcls.jp/genome/ GGGenome] の構築
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ゲノム等の塩基配列検索に特化したサービス [http://GGRNA.dbcls.jp/genome/ GGGenome] の構築と REST API の提供
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* システムは内藤が開発しているRefSeqの全文検索システム [http://GGRNA.dbcls.jp/ GGRNA] の流用
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* 名称はGGRNAを s/RNA/Genome/ したもの → GGGenome (ゲゲゲノム)
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* 完全一致に近い配列をかなり高速に検索できる
== 開発の動機 ==
== 開発の動機 ==
ゲノムRDFやINSDC/DDBJオントロジーのプロジェクトと連携して、塩基配列(の断片)を扱える仕組みをつくれないか?
ゲノムRDFやINSDC/DDBJオントロジーのプロジェクトと連携して、塩基配列(の断片)を扱える仕組みをつくれないか?
== 概要 ==
== 概要 ==
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* システムは内藤が開発しているRefSeqの全文検索システム [http://GGRNA.dbcls.jp/ GGRNA] の流用
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GGGenome (http://GGRNA.dbcls.jp/genome/) のトップページを参照。
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* 名称はGGRNAを s/RNA/Genome/ したもの → GGGenome (ゲゲゲノム)
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== BH12.12での作業 ==
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* REST APIのインターフェースを作成
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** 例:http://GGRNA.dbcls.jp/genome/mm10/2/GCAAGAGAGATTGCTTAGCG.json
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** 上記のHTML版:http://GGRNA.dbcls.jp/genome/mm10/2/GCAAGAGAGATTGCTTAGCG.html
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** マウスゲノム mm10 で 2 ミスマッチ/ギャップまで許容して検索
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* RDFによる連携【終わらなかった!!】
== メンバー ==
== メンバー ==
* 内藤
* 内藤

2012年12月21日 (金) 08:13時点における最新版

目次

テーマ

ゲノム等の塩基配列検索に特化したサービス GGGenome の構築と REST API の提供

  • システムは内藤が開発しているRefSeqの全文検索システム GGRNA の流用
  • 名称はGGRNAを s/RNA/Genome/ したもの → GGGenome (ゲゲゲノム)
  • 完全一致に近い配列をかなり高速に検索できる

開発の動機

ゲノムRDFやINSDC/DDBJオントロジーのプロジェクトと連携して、塩基配列(の断片)を扱える仕組みをつくれないか?

概要

GGGenome (http://GGRNA.dbcls.jp/genome/) のトップページを参照。

BH12.12での作業

メンバー

  • 内藤
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