BH12.12

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* RDF アプリケーション
* RDF アプリケーション
** オープンバイオ
** オープンバイオ
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** [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH12.12/ゲノムアノテーション ゲノムアノテーション]
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** [[BH12.12/ゲノムアノテーション|ゲノムアノテーション]]
** 糖鎖バイオロジー
** 糖鎖バイオロジー
** 希少疾患
** 希少疾患
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** 生物用語辞書
** 生物用語辞書
** 解析フローとTogoReceipe
** 解析フローとTogoReceipe
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** [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH12.12/データベースアーカイブのRDF化 データベースアーカイブのRDF化]
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** [[BH12.12/データベースアーカイブのRDF化|データベースアーカイブのRDF化]]
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** [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH12.12/UT_Prot UT_Prot] (UniProt/PDBで物足らない部分を補完するデータのRDF化)
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** [[BH12.12/UT_Prot|UT_Prot]] (UniProt/PDBで物足らない部分を補完するデータのRDF化)
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***[http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH12.12/wild.type.count.data.DB wild.type.count.data.DB] (野生型発現量DB)
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***[[BH12.12/wild.type.count.data.DB|wild.type.count.data.DB]] (野生型発現量DB)
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** [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH12.12/MBGD MBGD]
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** [[BH12.12/MBGD|MBGD]]
* LOD構築
* LOD構築
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** [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH12.12/LOD_Metalloprotein Metalloprotein]
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** [[BH12.12/LOD_Metalloprotein|LOD_Metalloprotein]]
* オントロジー
* オントロジー
** 環境オントロジー
** 環境オントロジー
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** [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH12.12/GMO GMO] Growth Medium Ontology (微生物培養培地オントロジー)
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** [[BH12.12/GMO|GMO]] Growth Medium Ontology (微生物培養培地オントロジー)
** Schema.orgのメタデータ整備
** Schema.orgのメタデータ整備
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* Encode データを BioHackathon2013 で使いやすくする(op.ENcode)
* Encode データを BioHackathon2013 で使いやすくする(op.ENcode)
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**[http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH12.12/op.ENcode op.ENcode]
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**[[BH12.12/op.ENcode|op.ENcode]]
== プログラム ==
== プログラム ==

2012年12月18日 (火) 13:57時点における版

BH12.12 logo1.png

統合データベース技術情報交換ワークショップ

一昨年度の BH10.10 、昨年度の BH11.11 に引き続き、今年も12月19日から21日にかけて、ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) にて、国内のライフサイエンスデータベースの構築者と利用者向けの技術勉強会を開催いたします。

目次

参加申し込み

参加費は無料ですが、会場準備の都合上、参加希望者は ATND での事前参加申し込みにご協力ください。

開催概要

なお、12月18日(火) の 19:00 ごろから、DBCLS 5階 514 (談話室) にてレセプションを行う予定です。 国内版ハッカソンに初めて参加される方、前日から前倒しで議論したいことが山ほどある方、出張都合で前泊になる方、どなたでもお気軽にご参加ください。 会費は 1000〜2000 円程度の実費を予定しています。

開催趣旨

9/2-7に行った NBDC/DBCLS BioHackathon 2012 (BH12) では、セマンティック・ウェブによるデータ統合にむけて、様々なアプリケーション開発、オントロジー開発、テキストマイニング技術開発、SPARQLエンドポイントの評価と分散クエリ、分散環境におけるトリプルストアの検証などが行われました。すでに RDF や SPARQL についての理解は比較的に浸透していたようですが、国内の参加者においては必ずしもまだ技術的な情報交換が十分にできていない面もあります。また国内でのニーズにあわせた統合化の技術開発も今後の課題となっています。そこで DBCLS では、これまでに蓄積したノウハウの共有と今後の展開を議論する場として、今年度も国内版バイオハッカソン BH12.12 を開催します。医学生物学の異種大量データを効果的に統合して活用するための技術開発に興味のある方々の積極的なご参加をお待ちしております。

主なテーマ

会期中に検討したいテーマを自由に追記頂ければと思います。たたき台として BH12 で挙げられた課題(一部抜粋)を載せておきます。

  • オントロジー
    • 環境オントロジー
    • GMO Growth Medium Ontology (微生物培養培地オントロジー)
    • Schema.orgのメタデータ整備
  • テキストマイニング
    • 自然言語による問い合わせからの SPARQL 生成
    • PDF データからのテキスト抽出とマイニング
    • テキストマイニング結果の RDF 化
  • エンドポイントとトリプルストア
    • 性能評価
    • 分散クエリ
  • Encode データを BioHackathon2013 で使いやすくする(op.ENcode)

プログラム

  • 12/18 (火)
    • 19:00- レセプション
  • 12/19 (水)
    • 9:00-10:00 受け付け
    • 10:00-11:00 課題だしとチーム分け
    • 11:00-18:00 開発会議
  • 12/20 (木)
    • 10:00-18:00 開発会議
  • 12/21 (金)
    • 10:00-16:00 開発会議
    • 16:00-18:00 まとめの会

オーガナイザー

  • DBCLS: 金, 川本, 河野, 呉, 王, 岡本, 山口, 山本, 川島, 片山

SPARQLthon

個人用ツール