BH12.12

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統合データベース技術情報交換ワークショップ
統合データベース技術情報交換ワークショップ
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一昨年度の [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH10.10 BH10.10] 、昨年度の [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH11.11 BH11.11] に引き続き、今年も12月19日から21日にかけて、[http://dbcls.rois.ac.jp/ ライフサイエンス統合データベースセンター] (DBCLS) にて、国内のライフサイエンスデータベースの構築者と利用者向けの技術勉強会を開催いたします。
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一昨年度の [[BH10.10]] 、昨年度の [[BH11.11]] に引き続き、今年も12月19日から21日にかけて、[http://dbcls.rois.ac.jp/ ライフサイエンス統合データベースセンター] (DBCLS) にて、国内のライフサイエンスデータベースの構築者と利用者向けの技術勉強会を開催いたします。
* 主催:[http://dbcls.rois.ac.jp/ ライフサイエンス統合データベースセンター] (DBCLS)
* 主催:[http://dbcls.rois.ac.jp/ ライフサイエンス統合データベースセンター] (DBCLS)
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== 主なテーマ ==
== 主なテーマ ==
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会期中に検討したいテーマを自由に追記頂ければと思います。たたき台として BH12 で挙げられた課題(一部抜粋)を載せておきます。
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会期中に検討することになったテーマです。自由に追記・編集して頂ければと思います。リンク先のページを作るときは「BH12.12/ページ名」としてください。
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* RDF アプリケーション
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* 環境グループ
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** オープンバイオ
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** 菌株名寄せ RDF 化
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** [[BH12.12/ゲノムアノテーション|ゲノムアノテーション]]
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** [[BH12.12/MCCV|菌株オントロジー MCCV 開発]]  
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** 糖鎖バイオロジー
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** [[BH12.12/MEO|環境オントロジー MeO 開発]]
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** 希少疾患
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** [[BH12.12/GMO|培地オントロジー GMO 開発]]
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** 共発現遺伝子
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** メタプロテイン LOD 化
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** 生物系統
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** 生物用語辞書
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* ゲノムグループ
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** 解析フローとTogoReceipe
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** [[BH12.12/TogoGenome|ゲノムRDF化 (TogoGenome)]]
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** [[BH12.12/データベースアーカイブのRDF化|データベースアーカイブのRDF化]]
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** [[BH12.12/TogoStanza|スタンザ可視化 (TogoStanza)]]
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** [[BH12.12/UT_Prot|UT_Prot]] (UniProt/PDBで物足らない部分を補完するデータのRDF化)
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** [[BH12.12/Identifiers.org連携|Identifiers.org連携]]
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***[[BH12.12/wild.type.count.data.DB|wild.type.count.data.DB]] (野生型発現量DB)
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** [[BH12.12/INSDCオントロジー|INSDC/DDBJオントロジー]]
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** [[BH12.12/MBGD|MBGD]]
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** [[BH12.12/VariationRDF|Variation RDF]] : DDBJパイプライン + H-inv + 変異関連データのRDF化
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** [[BH12.12/GGGenome|高速ゲノム配列検索GGGenome]]
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** [[BH12.12/HinvRDF: genome対応]]
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* 生物系統グループ
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** [[BH12.12/MBGD/Index|MBGD オーソログ RDF 化]]
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** 種名のDBpediaスポットライト
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** [[LODAC Species と南極の地域・標本マッピング]]
* LOD構築
* LOD構築
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** [[BH12.12/schema.org|Schema.org extension]]
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*** データベースの各エントリ用のメタデータ定義(プロパティの集合)
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*** 検索エンジンの検索結果を構造化して見やすくすることが第一の目的
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** NBDC [[BH12.12/データベースアーカイブのRDF化|データベースアーカイブのRDF化]]
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** [[BH12.12/定量PCRアレイのRDF化調査|定量PCRアレイのRDF化調査]]
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** アグリバイオ 野生型RNA-Seq発現量RDF化
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***[[BH12.12/wild.type.count.data.DB|wild.type.count.data.DB]] (野生型発現量DB)
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** [[BH12.12/UT_Prot|UT_Prot]] (UniProt/PDBで物足らない部分を補完するデータのRDF化)
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* [[BH12.12/cc|化合物グループ]]
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** [[BH12.12/糖鎖オントロジー|糖鎖オントロジー]]
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** プロテイン-リガンド 膜/糖鎖/金属
** [[BH12.12/LOD_Metalloprotein|LOD_Metalloprotein]]
** [[BH12.12/LOD_Metalloprotein|LOD_Metalloprotein]]
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* オントロジー
 
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** 環境オントロジー
 
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** [[BH12.12/GMO|GMO]] Growth Medium Ontology (微生物培養培地オントロジー)
 
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** Schema.orgのメタデータ整備
 
* テキストマイニング
* テキストマイニング
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** 自然言語による問い合わせからの SPARQL 生成
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** BioNLP shared task テキストマイニング結果のアノテーションRDF化
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** PDF データからのテキスト抽出とマイニング
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** [[BH12.12/DBpedia Spotlight|DBpedia Spotlight]]
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** テキストマイニング結果の RDF 化
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** [[BH12.12/TogoAnnotator|TogoAnnotator: ルールベース遺伝子名キュレーション支援プログラム]]
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* エンドポイントとトリプルストア
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* op.ENCODE
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** 性能評価
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** Encode データを BioHackathon2013 で使いやすくする(op.ENcode)
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** 分散クエリ
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** [[BH12.12/op.ENcode|op.ENcode]]
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* Encode データを BioHackathon2013 で使いやすくする(op.ENcode)
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**[[BH12.12/op.ENcode|op.ENcode]]
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== プログラム ==
== プログラム ==
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** 9:00-10:00 受け付け
** 9:00-10:00 受け付け
** 10:00-11:00 課題だしとチーム分け
** 10:00-11:00 課題だしとチーム分け
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** 11:00-18:00 開発会議
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** 11:00-17:30 開発会議(4階 & 5階)
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** 17:30-18:00 ラップアップ@4階415室
* 12/20 (木)
* 12/20 (木)
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** 10:00-18:00 開発会議
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** 17:30-18:00 ラップアップ@4階415室
* 12/21 (金)
* 12/21 (金)
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** 10:00-16:00 開発会議
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** 10:00-16:00 開発会議(4階 & 5階)
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** 16:00-18:00 まとめの会
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** 16:00-18:00 まとめの会@4階415室
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== グループミーティング ==
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会場5F談話室。アナウンス等は Twitter #BH1212 または大田さんが人力広報の予定。
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||グループ||スケジュール
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| 菌株
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| ゲノム, op.ENCODE, H-inv
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必要に応じて適宜募集して下さい
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* 環境
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== プレゼン ==
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* ヨハンさん「トキシコゲノミクスのRDFアプリケーション」 11:00- @ 4階 415
== オーガナイザー ==
== オーガナイザー ==
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== SPARQLthon ==
== SPARQLthon ==
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* [[BH12.12/SPARQLthon]]1 10/30-31 @ DBCLS
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* [[SPARQLthon]]
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* [[BH12.12/SPARQLthon2]] 11/14 @ DBCLS
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* [[BH12.12/SPARQLthon3]] 12/4-5 @ DBCLS
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2014年1月31日 (金) 17:36時点における最新版

BH12.12 logo1.png

統合データベース技術情報交換ワークショップ

一昨年度の BH10.10 、昨年度の BH11.11 に引き続き、今年も12月19日から21日にかけて、ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) にて、国内のライフサイエンスデータベースの構築者と利用者向けの技術勉強会を開催いたします。

目次

参加申し込み

参加費は無料ですが、会場準備の都合上、参加希望者は ATND での事前参加申し込みにご協力ください。

開催概要

なお、12月18日(火) の 19:00 ごろから、DBCLS 5階 514 (談話室) にてレセプションを行う予定です。 国内版ハッカソンに初めて参加される方、前日から前倒しで議論したいことが山ほどある方、出張都合で前泊になる方、どなたでもお気軽にご参加ください。 会費は 1000〜2000 円程度の実費を予定しています。

開催趣旨

9/2-7に行った NBDC/DBCLS BioHackathon 2012 (BH12) では、セマンティック・ウェブによるデータ統合にむけて、様々なアプリケーション開発、オントロジー開発、テキストマイニング技術開発、SPARQLエンドポイントの評価と分散クエリ、分散環境におけるトリプルストアの検証などが行われました。すでに RDF や SPARQL についての理解は比較的に浸透していたようですが、国内の参加者においては必ずしもまだ技術的な情報交換が十分にできていない面もあります。また国内でのニーズにあわせた統合化の技術開発も今後の課題となっています。そこで DBCLS では、これまでに蓄積したノウハウの共有と今後の展開を議論する場として、今年度も国内版バイオハッカソン BH12.12 を開催します。医学生物学の異種大量データを効果的に統合して活用するための技術開発に興味のある方々の積極的なご参加をお待ちしております。

主なテーマ

会期中に検討することになったテーマです。自由に追記・編集して頂ければと思います。リンク先のページを作るときは「BH12.12/ページ名」としてください。

  • op.ENCODE
    • Encode データを BioHackathon2013 で使いやすくする(op.ENcode)
    • op.ENcode

プログラム

  • 12/18 (火)
    • 19:00- レセプション
  • 12/19 (水)
    • 9:00-10:00 受け付け
    • 10:00-11:00 課題だしとチーム分け
    • 11:00-17:30 開発会議(4階 & 5階)
    • 17:30-18:00 ラップアップ@4階415室
  • 12/20 (木)
    • 10:00-17:30 開発会議(4階 & 5階)
    • 17:30-18:00 ラップアップ@4階415室
  • 12/21 (金)
    • 10:00-16:00 開発会議(4階 & 5階)
    • 16:00-18:00 まとめの会@4階415室

グループミーティング

会場5F談話室。アナウンス等は Twitter #BH1212 または大田さんが人力広報の予定。

グループスケジュール
外部DB (XREF) 12/19 11:00-11:30
化合物 12/19 11:00-11:30
タクソノミー 12/19 13:00-
菌株 12/19 13:30-
ゲノム, op.ENCODE, H-inv 12/20 10:30-
可視化

必要に応じて適宜募集して下さい

  • 環境

プレゼン

  • ヨハンさん「トキシコゲノミクスのRDFアプリケーション」 11:00- @ 4階 415

オーガナイザー

  • DBCLS: 金, 川本, 河野, 呉, 王, 岡本, 山口, 山本, 川島, 片山

SPARQLthon

個人用ツール