BH11.11/LinkDB RDF

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2011年11月20日 (日) 09:12時点におけるShuichi (トーク | 投稿記録)による版
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  • Agenda
    • Turtleでは、データベースエントリーIDに数字だけのものが使えない(QNAMEの仕様)ので、現状のRDFに修正が必要
    • LinkDB RDFのOWLを作成(より一般的に、データベースエントリーのリンク情報について記述できるOWLが望ましい)
    • LinkDB RDFで扱うデータベースに関して、BioDBCore、MEDALS、DBアーカイブなども考慮しつつ、どのようなメタ情報をつけるか考えて、メタ情報RDFを構築
    • 現状のエントリー間の関係情報から踏み込んで、コンテンツレベルでの関係にまで情報を詳細化できるか考える
      • やると実際に便利なのかどうか、具体例
      • やるとするとどこまでできるか(優先的に作業するデータベースの選択など)
      • 将来、これまでのようなデータベースエントリーという概念が希薄化したときに、既存のLinkDBはどう位置づけられるだろうか
    • LinkDB が現在対象としていないデータベースについて、どのようにリンクを繋げていくことができるか考える
      • DBアーカイブのコンテンツで、LinkDBにどの程度つながるか。またはどの程度の追加作業で、LinkDBにつながるか
    • LinkDB の具体的な応用を考える
      • 例えば、Gene Set Enrichment Analysis で、遺伝子セットが与えられた時、データベースエントリーのネットワークは役に立つのか
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