BH11.11/LinkDB RDF

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* Agenda
* Agenda
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** Turtleでは、データベースエントリーIDに数字だけのものが使えない(QNAMEの仕様)ので、現状のRDFに修正が必要
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** Turtleでは、データベースエントリーIDに数字ではじまるものが使えない(QNAMEの仕様)ので、現状のRDFに修正が必要
** LinkDB RDFのOWLを作成(より一般的に、データベースエントリーのリンク情報について記述できるOWLが望ましい)
** LinkDB RDFのOWLを作成(より一般的に、データベースエントリーのリンク情報について記述できるOWLが望ましい)
** LinkDB RDFで扱うデータベースに関して、BioDBCore、MEDALS、DBアーカイブなども考慮しつつ、どのようなメタ情報をつけるか考えて、メタ情報RDFを構築
** LinkDB RDFで扱うデータベースに関して、BioDBCore、MEDALS、DBアーカイブなども考慮しつつ、どのようなメタ情報をつけるか考えて、メタ情報RDFを構築
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*** 例えば、Gene Set Enrichment Analysis で、遺伝子セットが与えられた時、データベースエントリーのネットワークは役に立つのか
*** 例えば、Gene Set Enrichment Analysis で、遺伝子セットが与えられた時、データベースエントリーのネットワークは役に立つのか
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== 勝手にリクエスト ==
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* http://www.genome.jp/linkdb/pdb/7TIM とリクエストすると、以下のようなRDFを返してくれるといいなぁ
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<pre>
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<http://www.genome.jp/linkdb/pdb/7TIM> <http://www.genome.jp/linkdb.owl#original_site> <http://pdbj.org/rdf/7TIM> .
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<http://pdbj.org/rdf/7TIM> <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_kegg_enzyme> <http://www.genome.jp/enzyme/5.3.1.1> ;
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                                      <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_kegg_genes> <http://www.genome.jp/genes/sce:YDR050C> ;
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                                      <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_uniprot> <http://purl.uniprot.org/uniprot/P00942> ;
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                                      <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_pdbstr> <http://www.genome.jp/pdbstr/7TIMA> ,
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                                                                                                                <http://www.genome.jp/pdbstr/7TIMB> ;
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                                      <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_interpro> <http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=IPR000652> ,
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                                                        <http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=IPR013785> ,
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                                                        <http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=IPR020861> ,
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                                                        <http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=IPR022896> ;
 +
                                      <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_pfam> <http://pfam.sanger.ac.uk/family?entry=PF00121> ;
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                                      <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_pubmed> <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2043623> .
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</pre>
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こうすると、述語でデータベースの種類がフィルターできる。できれば、さらにLinkDB内でのリンクも付け加えたらもっと良い:
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<pre>
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<http://www.genome.jp/linkdb/pdb/7TIM> <http://www.genome.jp/linkdb.owl#in_linkdb> <http://www.genome.jp/linkdb/enzyme/5.3.1.1> ,
 +
  <http://www.genome.jp/linkdb/genes/sce:YDR050C> ,
 +
  <http://www.genome.jp/linkdb/uniprot/P00942> ,
 +
  <http://www.genome.jp/linkdb/pdbstr/7TIMA> ,
 +
  <http://www.genome.jp/linkdb/pdbstr/7TIMB> ,
 +
  <http://www.genome.jp/linkdb/interpro/IPR00652> ,
 +
  .....
 +
</pre>
 +
 +
* 結局のところ、現在の [http://www.genome.jp/dbget/linkdb.html LinkDB] のウェブページで表示されるデータがそのままRDFになったようなイメージかな?
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH11.11 BH11.11トップページ]
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH11.11 BH11.11トップページ]

2011年11月25日 (金) 07:06時点における最新版

  • Agenda
    • Turtleでは、データベースエントリーIDに数字ではじまるものが使えない(QNAMEの仕様)ので、現状のRDFに修正が必要
    • LinkDB RDFのOWLを作成(より一般的に、データベースエントリーのリンク情報について記述できるOWLが望ましい)
    • LinkDB RDFで扱うデータベースに関して、BioDBCore、MEDALS、DBアーカイブなども考慮しつつ、どのようなメタ情報をつけるか考えて、メタ情報RDFを構築
    • 現状のエントリー間の関係情報から踏み込んで、コンテンツレベルでの関係にまで情報を詳細化できるか考える
      • やると実際に便利なのかどうか、具体例
      • やるとするとどこまでできるか(優先的に作業するデータベースの選択など)
      • 将来、これまでのようなデータベースエントリーという概念が希薄化したときに、既存のLinkDBはどう位置づけられるだろうか
    • LinkDB が現在対象としていないデータベースについて、どのようにリンクを繋げていくことができるか考える
      • DBアーカイブのコンテンツで、LinkDBにどの程度つながるか。またはどの程度の追加作業で、LinkDBにつながるか
    • LinkDB の具体的な応用を考える
      • 例えば、Gene Set Enrichment Analysis で、遺伝子セットが与えられた時、データベースエントリーのネットワークは役に立つのか

勝手にリクエスト

<http://www.genome.jp/linkdb/pdb/7TIM> <http://www.genome.jp/linkdb.owl#original_site> <http://pdbj.org/rdf/7TIM> .
<http://pdbj.org/rdf/7TIM> <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_kegg_enzyme> <http://www.genome.jp/enzyme/5.3.1.1> ;
                                      <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_kegg_genes> <http://www.genome.jp/genes/sce:YDR050C> ;
                                      <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_uniprot> <http://purl.uniprot.org/uniprot/P00942> ;
                                      <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_pdbstr> <http://www.genome.jp/pdbstr/7TIMA> ,
                                                                                                                 <http://www.genome.jp/pdbstr/7TIMB> ;
                                      <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_interpro> <http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=IPR000652> , 
                                                         <http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=IPR013785> ,
                                                         <http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=IPR020861> ,
                                                         <http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=IPR022896> ;
                                       <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_pfam> <http://pfam.sanger.ac.uk/family?entry=PF00121> ;
                                       <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_pubmed> <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2043623> .

こうすると、述語でデータベースの種類がフィルターできる。できれば、さらにLinkDB内でのリンクも付け加えたらもっと良い:

<http://www.genome.jp/linkdb/pdb/7TIM> <http://www.genome.jp/linkdb.owl#in_linkdb> <http://www.genome.jp/linkdb/enzyme/5.3.1.1> ,
   <http://www.genome.jp/linkdb/genes/sce:YDR050C> ,
   <http://www.genome.jp/linkdb/uniprot/P00942> ,
   <http://www.genome.jp/linkdb/pdbstr/7TIMA> ,
   <http://www.genome.jp/linkdb/pdbstr/7TIMB> ,
   <http://www.genome.jp/linkdb/interpro/IPR00652> , 
  .....
  • 結局のところ、現在の LinkDB のウェブページで表示されるデータがそのままRDFになったようなイメージかな?
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