BH11.11/糖鎖
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当面の課題(11月22日~)
糖鎖に関するオントロジーの調査・検証が必要
その上で、利用できるか新しく構築するかの議論を行う。
糖鎖オントロジー
- 糖鎖化学のオントロジー
- 化学構造が明確な糖鎖(SGP):化合物と同様に扱う?(化合物オントロジー検討会議[1])
- 化学構造が不確定な糖鎖(ケラタン硫酸など):検討すべき課題
- 化学構造が一部が不確定な糖鎖(MS分析などで頻出):検討すべき課題
- 糖鎖生物学のオントロジー
- 既存のオントロジーは存在するが、利用できるか確認が必要
問題点
- 曖昧な構造を表現できるか?
- ~グラフ構造の組み合わせで表現できないか検討~
- 修飾糖鎖の表現
- N結合型修飾糖鎖の付加位置情報
- タンパク翻訳後修飾
- ~グラフ構造の組み合わせで表現できないか検討~
- UniProtのようなハブとなるサイト(DB)が無い。
- 無いなら作るしかない???
国際連携
MIRAGE[5]
今後の予定
- GlycoEpitope[6]内の構造不確定糖鎖に関するデータのRDF化の検討
- UniProtのRDFの検証
- 11/23 (会議@名古屋)