BH11.11/糖鎖

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*既存のオントロジーは存在するが、利用できるか確認が必要
*既存のオントロジーは存在するが、利用できるか確認が必要
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;*既存の糖鎖オントロジー[http://glycomics.ccrc.uga.edu/core4/informatics-ontologies.html]<br>
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*既存の糖鎖オントロジー[http://glycomics.ccrc.uga.edu/core4/informatics-ontologies.html]<br>
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:**GlycO(The Glycomics Ontology)[http://lsdis.cs.uga.edu/projects/glycomics/glyco/]<br>
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**GlycO(The Glycomics Ontology)[http://lsdis.cs.uga.edu/projects/glycomics/glyco/]<br>
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:**EnzyO(enzymes and enzyme-catalyzed reactions)[http://lsdis.cs.uga.edu/projects/glycomics/enzyo/]<br>
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**EnzyO(enzymes and enzyme-catalyzed reactions)[http://lsdis.cs.uga.edu/projects/glycomics/enzyo/]<br>
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:**ReferO<br>
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:**ChEBI[http://www.ebi.ac.uk/chebi/init.do]<br>
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**ChEBI[http://www.ebi.ac.uk/chebi/init.do]<br>
<h1>問題点</h1>
<h1>問題点</h1>

2011年11月22日 (火) 11:34時点における版

目次

当面の課題(11月22日~)

糖鎖に関するオントロジーの調査・検証が必要
その上で、利用できるか新しく構築するかの議論を行う。

糖鎖オントロジー


糖鎖化学のオントロジーについて
  • 化学構造が明確な糖鎖(SGP):化合物と同様に扱う?(化合物オントロジー検討会議[1]
  • 化学構造が不確定な糖鎖(ケラタン硫酸[2]など):検討すべき課題
  • 化学構造が一部が不確定な糖鎖(MS分析などで頻出):検討すべき課題
糖鎖生物学のオントロジーについて
  • 既存のオントロジーは存在するが、利用できるか確認が必要
  • 既存の糖鎖オントロジー[3]
    • GlycO(The Glycomics Ontology)[4]
    • EnzyO(enzymes and enzyme-catalyzed reactions)[5]
    • ReactO
    • ReferO
    • ChEBI[6]

問題点

  • 曖昧な構造を表現できるか?
    • ~グラフ構造の組み合わせで表現できないか検討~
    • 修飾糖鎖の表現
    • N結合型修飾糖鎖の付加位置情報
    • タンパク翻訳後修飾
  • UniProtのようなハブとなるサイト(DB)が無い。
    • 無いなら作るしかない???

国際連携

MIRAGE[7]:標準化を推進

今後の予定

  • GlycoEpitope[8]内の構造不確定糖鎖に関するデータのRDF化の検討
  • UniProtのRDFの検証
  • 11/23 (会議@名古屋)


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