BH11.11/糖鎖

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;<h1>糖鎖オントロジー</h1><br>
;<h1>糖鎖オントロジー</h1><br>
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;糖鎖化学のオントロジー<br>
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;糖鎖化学のオントロジーについて<br>
*化学構造が明確な糖鎖(SGP):化合物と同様に扱う?(化合物オントロジー検討会議[http://wg.biosciencedbc.jp/dokuwiki/doku.php?id=%E5%AE%9F%E5%8B%99%E8%80%85%E9%80%A3%E7%B5%A1%E4%BC%9A_%E5%8C%96%E5%90%88%E7%89%A9%E3%82%AA%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%AD%E3%82%B8%E3%83%BC%E6%A4%9C%E8%A8%8E%E4%BC%9A%E8%AD%B0_%E8%AD%B0%E4%BA%8B%E9%8C%B2_2011%E5%B9%B411%E6%9C%8811%E6%97%A5])
*化学構造が明確な糖鎖(SGP):化合物と同様に扱う?(化合物オントロジー検討会議[http://wg.biosciencedbc.jp/dokuwiki/doku.php?id=%E5%AE%9F%E5%8B%99%E8%80%85%E9%80%A3%E7%B5%A1%E4%BC%9A_%E5%8C%96%E5%90%88%E7%89%A9%E3%82%AA%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%AD%E3%82%B8%E3%83%BC%E6%A4%9C%E8%A8%8E%E4%BC%9A%E8%AD%B0_%E8%AD%B0%E4%BA%8B%E9%8C%B2_2011%E5%B9%B411%E6%9C%8811%E6%97%A5])
*化学構造が不確定な糖鎖(ケラタン硫酸[http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B1%E3%83%A9%E3%82%BF%E3%83%B3%E7%A1%AB%E9%85%B8]など):検討すべき課題
*化学構造が不確定な糖鎖(ケラタン硫酸[http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B1%E3%83%A9%E3%82%BF%E3%83%B3%E7%A1%AB%E9%85%B8]など):検討すべき課題
*化学構造が一部が不確定な糖鎖(MS分析などで頻出):検討すべき課題
*化学構造が一部が不確定な糖鎖(MS分析などで頻出):検討すべき課題
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;糖鎖生物学のオントロジー<br>
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;糖鎖生物学のオントロジーについて<br>
*既存のオントロジーは存在するが、利用できるか確認が必要
*既存のオントロジーは存在するが、利用できるか確認が必要

2011年11月22日 (火) 11:34時点における版

目次

当面の課題(11月22日~)

糖鎖に関するオントロジーの調査・検証が必要
その上で、利用できるか新しく構築するかの議論を行う。

糖鎖オントロジー


糖鎖化学のオントロジーについて
  • 化学構造が明確な糖鎖(SGP):化合物と同様に扱う?(化合物オントロジー検討会議[1]
  • 化学構造が不確定な糖鎖(ケラタン硫酸[2]など):検討すべき課題
  • 化学構造が一部が不確定な糖鎖(MS分析などで頻出):検討すべき課題
糖鎖生物学のオントロジーについて
  • 既存のオントロジーは存在するが、利用できるか確認が必要
  • 既存の糖鎖オントロジー[3]
    • GlycO(The Glycomics Ontology)[4]
    • EnzyO(enzymes and enzyme-catalyzed reactions)[5]
    • ReactO
    • ReferO
    • ChEBI[6]

問題点

  • 曖昧な構造を表現できるか?
    • ~グラフ構造の組み合わせで表現できないか検討~
    • 修飾糖鎖の表現
    • N結合型修飾糖鎖の付加位置情報
    • タンパク翻訳後修飾
  • UniProtのようなハブとなるサイト(DB)が無い。
    • 無いなら作るしかない???

国際連携

MIRAGE[7]:標準化を推進

今後の予定

  • GlycoEpitope[8]内の構造不確定糖鎖に関するデータのRDF化の検討
  • UniProtのRDFの検証
  • 11/23 (会議@名古屋)


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