BH11.11/糖鎖
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*化学構造が明確な糖鎖（SGP）：化合物と同様に扱う？（化合物オントロジー検討会議[http://wg.biosciencedbc.jp/dokuwiki/doku.php?id=%E5%AE%9F%E5%8B%99%E8%80%85%E9%80%A3%E7%B5%A1%E4%BC%9A_%E5%8C%96%E5%90%88%E7%89%A9%E3%82%AA%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%AD%E3%82%B8%E3%83%BC%E6%A4%9C%E8%A8%8E%E4%BC%9A%E8%AD%B0_%E8%AD%B0%E4%BA%8B%E9%8C%B2_2011%E5%B9%B411%E6%9C%8811%E6%97%A5]） | *化学構造が明確な糖鎖（SGP）：化合物と同様に扱う？（化合物オントロジー検討会議[http://wg.biosciencedbc.jp/dokuwiki/doku.php?id=%E5%AE%9F%E5%8B%99%E8%80%85%E9%80%A3%E7%B5%A1%E4%BC%9A_%E5%8C%96%E5%90%88%E7%89%A9%E3%82%AA%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%AD%E3%82%B8%E3%83%BC%E6%A4%9C%E8%A8%8E%E4%BC%9A%E8%AD%B0_%E8%AD%B0%E4%BA%8B%E9%8C%B2_2011%E5%B9%B411%E6%9C%8811%E6%97%A5]） | ||
*化学構造が不確定な糖鎖（ケラタン硫酸など）：検討すべき課題 | *化学構造が不確定な糖鎖（ケラタン硫酸など）：検討すべき課題 | ||
| + | *化学構造が一部が不確定な糖鎖（MS分析などで頻出）：検討すべき課題 | ||
;糖鎖生物学のオントロジー<br> | ;糖鎖生物学のオントロジー<br> | ||
*既存のオントロジーは存在するが、利用できるか確認が必要 | *既存のオントロジーは存在するが、利用できるか確認が必要 | ||
2011年11月22日 (火) 11:16時点における版
目次 |
当面の課題（11月22日～）
糖鎖に関するオントロジーの調査・検証が必要
その上で、利用できるか新しく構築するかの議論を行う。
糖鎖オントロジー
- 糖鎖化学のオントロジー
- 化学構造が明確な糖鎖（SGP）：化合物と同様に扱う？（化合物オントロジー検討会議[1]）
- 化学構造が不確定な糖鎖（ケラタン硫酸など）：検討すべき課題
- 化学構造が一部が不確定な糖鎖（MS分析などで頻出）：検討すべき課題
- 糖鎖生物学のオントロジー
- 既存のオントロジーは存在するが、利用できるか確認が必要
問題点
- 曖昧な構造を表現できるか？
- ～グラフ構造の組み合わせで表現できないか検討～
- 修飾糖鎖の表現
- N結合型修飾糖鎖の付加位置情報
- タンパク翻訳後修飾
- ～グラフ構造の組み合わせで表現できないか検討～
- UniProtのようなハブとなるサイト（DB)が無い。
- 無いなら作るしかない？？？
国際連携
MIRAGE[5]
11/23 (会議＠名古屋)
今後の予定
- GlycoEpitope[6]内の構造不確定糖鎖に関するデータのRDF化の検討
- UniProtのRDFの検証
