BH11.11/糖鎖

提供:TogoWiki

(版間での差分)
移動: 案内, 検索
1行: 1行:
-
<h1>当面の課題(11月22日~)</h1>
+
<h2>当面の課題(11月22日~)</h2>
糖鎖に関するオントロジーの調査・検証が必要<br>
糖鎖に関するオントロジーの調査・検証が必要<br>
その上で、利用できるか新しく構築するかの議論を行う。<br>
その上で、利用できるか新しく構築するかの議論を行う。<br>
-
;<h2>糖鎖構造オントロジー</h2><br>
+
;<h1>糖鎖オントロジー</h1><br>
;糖鎖化学のオントロジー<br>
;糖鎖化学のオントロジー<br>
-
*化学構造が明確な糖鎖(SGP):化学物質と同様に扱う?(化合物オントロジー検討会議[http://wg.biosciencedbc.jp/dokuwiki/doku.php?id=%E5%AE%9F%E5%8B%99%E8%80%85%E9%80%A3%E7%B5%A1%E4%BC%9A_%E5%8C%96%E5%90%88%E7%89%A9%E3%82%AA%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%AD%E3%82%B8%E3%83%BC%E6%A4%9C%E8%A8%8E%E4%BC%9A%E8%AD%B0_%E8%AD%B0%E4%BA%8B%E9%8C%B2_2011%E5%B9%B411%E6%9C%8811%E6%97%A5])
+
*化学構造が明確な糖鎖(SGP):化合物と同様に扱う?(化合物オントロジー検討会議[http://wg.biosciencedbc.jp/dokuwiki/doku.php?id=%E5%AE%9F%E5%8B%99%E8%80%85%E9%80%A3%E7%B5%A1%E4%BC%9A_%E5%8C%96%E5%90%88%E7%89%A9%E3%82%AA%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%AD%E3%82%B8%E3%83%BC%E6%A4%9C%E8%A8%8E%E4%BC%9A%E8%AD%B0_%E8%AD%B0%E4%BA%8B%E9%8C%B2_2011%E5%B9%B411%E6%9C%8811%E6%97%A5])
-
*化学構造が不確定な糖鎖(ケラタン硫酸):検討すべき課題
+
*化学構造が不確定な糖鎖(ケラタン硫酸など):検討すべき課題
;糖鎖生物学のオントロジー<br>
;糖鎖生物学のオントロジー<br>
*既存のオントロジーは存在するが、利用できるか確認が必要
*既存のオントロジーは存在するが、利用できるか確認が必要
25行: 25行:
 +
<h1>国際連携</h1>
-
 
+
MIRAGE[http://glycomics.ccrc.uga.edu/MIRAGE/index.php/Main_Page]<br>
-
*国際連携:MIRAGE[http://glycomics.ccrc.uga.edu/MIRAGE/index.php/Main_Page]<br>
+
11/23 (会議@名古屋)
11/23 (会議@名古屋)

2011年11月22日 (火) 11:11時点における版

目次

当面の課題(11月22日~)

糖鎖に関するオントロジーの調査・検証が必要
その上で、利用できるか新しく構築するかの議論を行う。

糖鎖オントロジー


糖鎖化学のオントロジー
  • 化学構造が明確な糖鎖(SGP):化合物と同様に扱う?(化合物オントロジー検討会議[1]
  • 化学構造が不確定な糖鎖(ケラタン硫酸など):検討すべき課題
糖鎖生物学のオントロジー
  • 既存のオントロジーは存在するが、利用できるか確認が必要
  • 既存の糖鎖オントロジー[2]
    • GlycO(The Glycomics Ontology)[3]
    • EnzyO(enzymes and enzyme-catalyzed reactions)
    • ReactO
    • ReferO

問題点

  • 曖昧な構造を表現できるか?
    • ~グラフ構造の組み合わせで表現できないか検討~
    • 修飾糖鎖の表現
    • N結合型修飾糖鎖の付加位置情報
    • タンパク翻訳後修飾
  • UniProtのようなハブとなるサイト(DB)が無い。


国際連携

MIRAGE[4]

11/23 (会議@名古屋)

今後の予定

  • GlycoEpitope[5]内の構造不確定糖鎖に関するデータのRDF化の検討
  • UniProtのRDFの検証



Tousa1.JPG Tousa2.JPG Tousa3.JPG

個人用ツール