BH11.11/糖鎖

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<h1>問題点</h1>
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*曖昧な構造を表現できるか?<br>
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**~グラフ構造の組み合わせで表現できないか検討~<br>
**修飾糖鎖の表現<br>
**修飾糖鎖の表現<br>
**N結合型修飾糖鎖の付加位置情報
**N結合型修飾糖鎖の付加位置情報
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~グラフ構造の組み合わせで表現できないか検討~<br>
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*国際連携:MIRAGE[http://glycomics.ccrc.uga.edu/MIRAGE/index.php/Main_Page]<br>
*国際連携:MIRAGE[http://glycomics.ccrc.uga.edu/MIRAGE/index.php/Main_Page]<br>

2011年11月22日 (火) 11:08時点における版

目次

当面の課題(11月22日~)

糖鎖に関するオントロジーの調査・検証が必要
その上で、利用できるか新しく構築するかの議論を行う。

糖鎖構造オントロジー


糖鎖化学のオントロジー
  • 化学構造が明確な糖鎖(SGP):化学物質と同様に扱う?(化合物オントロジー検討会議[1]
  • 化学構造が不確定な糖鎖(ケラタン硫酸):検討すべき課題
糖鎖生物学のオントロジー
  • 既存のオントロジーは存在するが、利用できるか確認が必要
  • 既存の糖鎖オントロジー[2]
    • GlycO(The Glycomics Ontology)[3]
    • EnzyO(enzymes and enzyme-catalyzed reactions)
    • ReactO
    • ReferO

問題点

  • 曖昧な構造を表現できるか?
    • ~グラフ構造の組み合わせで表現できないか検討~
    • 修飾糖鎖の表現
    • N結合型修飾糖鎖の付加位置情報
    • タンパク翻訳後修飾
  • UniProtのようなハブとなるサイト(DB)が無い。



  • 国際連携:MIRAGE[4]

11/23 (会議@名古屋)

今後の予定

  • GlycoEpitope[5]内の構造不確定糖鎖に関するデータのRDF化の検討
  • UniProtのRDFの検証



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