BH11.11/糖鎖

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<h1>当面の課題(11月22日)</h1><br>
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<h1>当面の課題(11月22日~)</h1>
糖鎖に関するオントロジーの調査・検証が必要<br>
糖鎖に関するオントロジーの調査・検証が必要<br>
その上で、利用できるか新しく構築するかの議論を行う。<br>
その上で、利用できるか新しく構築するかの議論を行う。<br>
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<h2>糖鎖構造オントロジーの構築</h2><br>
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;<h2>糖鎖構造オントロジー</h2><br>
;糖鎖化学のオントロジー<br>
;糖鎖化学のオントロジー<br>
*化学構造が明確な糖鎖(SGP):化学物質と同様に扱う?(化合物オントロジー検討会議[http://wg.biosciencedbc.jp/dokuwiki/doku.php?id=%E5%AE%9F%E5%8B%99%E8%80%85%E9%80%A3%E7%B5%A1%E4%BC%9A_%E5%8C%96%E5%90%88%E7%89%A9%E3%82%AA%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%AD%E3%82%B8%E3%83%BC%E6%A4%9C%E8%A8%8E%E4%BC%9A%E8%AD%B0_%E8%AD%B0%E4%BA%8B%E9%8C%B2_2011%E5%B9%B411%E6%9C%8811%E6%97%A5])
*化学構造が明確な糖鎖(SGP):化学物質と同様に扱う?(化合物オントロジー検討会議[http://wg.biosciencedbc.jp/dokuwiki/doku.php?id=%E5%AE%9F%E5%8B%99%E8%80%85%E9%80%A3%E7%B5%A1%E4%BC%9A_%E5%8C%96%E5%90%88%E7%89%A9%E3%82%AA%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%AD%E3%82%B8%E3%83%BC%E6%A4%9C%E8%A8%8E%E4%BC%9A%E8%AD%B0_%E8%AD%B0%E4%BA%8B%E9%8C%B2_2011%E5%B9%B411%E6%9C%8811%E6%97%A5])
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<h1>問題点</h1>
<h1>問題点</h1>
*曖昧な構造を表現できるか?<br>
*曖昧な構造を表現できるか?<br>
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*修飾糖鎖の表現<br>
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**修飾糖鎖の表現<br>
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*N結合型修飾糖鎖の付加位置情報 タンパク翻訳後修飾<br>
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**N結合型修飾糖鎖の付加位置情報
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**タンパク翻訳後修飾<br>
*UniProtのようなハブとなるサイト(DB)が無い。
*UniProtのようなハブとなるサイト(DB)が無い。

2011年11月22日 (火) 11:06時点における版

目次

当面の課題(11月22日~)

糖鎖に関するオントロジーの調査・検証が必要
その上で、利用できるか新しく構築するかの議論を行う。

糖鎖構造オントロジー


糖鎖化学のオントロジー
  • 化学構造が明確な糖鎖(SGP):化学物質と同様に扱う?(化合物オントロジー検討会議[1]
  • 化学構造が不確定な糖鎖(ケラタン硫酸):検討すべき課題
糖鎖生物学のオントロジー
  • 既存のオントロジーは存在するが、利用できるか確認が必要
  • 既存の糖鎖オントロジー[2]
    • GlycO(The Glycomics Ontology)[3]
    • EnzyO(enzymes and enzyme-catalyzed reactions)
    • ReactO
    • ReferO

問題点

  • 曖昧な構造を表現できるか?
    • 修飾糖鎖の表現
    • N結合型修飾糖鎖の付加位置情報
    • タンパク翻訳後修飾
  • UniProtのようなハブとなるサイト(DB)が無い。


~グラフ構造の組み合わせで表現できないか検討~

  • 国際連携:MIRAGE[4]

11/23 (会議@名古屋)

今後の予定

  • GlycoEpitope[5]内の構造不確定糖鎖に関するデータのRDF化の検討
  • UniProtのRDFの検証



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