BH11.11/糖鎖

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*既存のオントロジーは存在するが、利用できるか確認が必要
*既存のオントロジーは存在するが、利用できるか確認が必要
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既存の糖鎖オントロジー[http://glycomics.ccrc.uga.edu/core4/informatics-ontologies.html]<br>
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**既存の糖鎖オントロジー[http://glycomics.ccrc.uga.edu/core4/informatics-ontologies.html]<br>
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*GlycO(The Glycomics Ontology)[http://lsdis.cs.uga.edu/projects/glycomics/glyco/]<br>
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***GlycO(The Glycomics Ontology)[http://lsdis.cs.uga.edu/projects/glycomics/glyco/]<br>
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*EnzyO(enzymes and enzyme-catalyzed reactions)<br>
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***EnzyO(enzymes and enzyme-catalyzed reactions)<br>
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*ReactO<br>
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***ReactO<br>
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*ReferO<br>
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***ReferO<br>
<h1>問題点</h1>
<h1>問題点</h1>

2011年11月22日 (火) 10:54時点における版

目次

当面の課題(11月22日)


糖鎖構造オントロジーの構築


糖鎖化学のオントロジー

  • 化学構造が明確な糖鎖(SGP):化学物質と同様に扱う?(化合物オントロジー検討会議[1]
  • 化学構造が不確定な糖鎖(ケラタン硫酸):検討すべき課題

糖鎖生物学のオントロジー

  • 既存のオントロジーは存在するが、利用できるか確認が必要
    • 既存の糖鎖オントロジー[2]
      • GlycO(The Glycomics Ontology)[3]
      • EnzyO(enzymes and enzyme-catalyzed reactions)
      • ReactO
      • ReferO

問題点

  • 曖昧な構造を表現できるか?
  • 修飾糖鎖の表現
  • N結合型修飾糖鎖の付加位置情報 タンパク翻訳後修飾
  • UniProtのようなハブとなるサイト(DB)が無い。


~グラフ構造の組み合わせで表現できないか検討~

  • 国際連携:MIRAGE[4]

11/23 (会議@名古屋)

今後の予定

  • GlycoEpitope[5]内の構造不確定糖鎖に関するデータのRDF化の検討
  • UniProtのRDFの検証



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