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2011年11月22日 (火) 11:17時点における版

当面の課題（11月22日～）

糖鎖に関するオントロジーの調査・検証が必要
その上で、利用できるか新しく構築するかの議論を行う。

糖鎖オントロジー

糖鎖化学のオントロジー

• 化学構造が明確な糖鎖（SGP）：化合物と同様に扱う？（化合物オントロジー検討会議[1]）
• 化学構造が不確定な糖鎖（ケラタン硫酸など）：検討すべき課題
• 化学構造が一部が不確定な糖鎖（MS分析などで頻出）：検討すべき課題

糖鎖生物学のオントロジー

• 既存のオントロジーは存在するが、利用できるか確認が必要

• 既存の糖鎖オントロジー[2]
  
  • GlycO(The Glycomics Ontology)[3]
    
  • EnzyO(enzymes and enzyme-catalyzed reactions)[4]
    
  • ReactO
    
  • ReferO
    

問題点

• 曖昧な構造を表現できるか？
  
  • ～グラフ構造の組み合わせで表現できないか検討～
    
  • 修飾糖鎖の表現
    
  • N結合型修飾糖鎖の付加位置情報
  • タンパク翻訳後修飾
    
• UniProtのようなハブとなるサイト（DB)が無い。
  • 無いなら作るしかない？？？

国際連携

MIRAGE[5]

今後の予定

• GlycoEpitope[6]内の構造不確定糖鎖に関するデータのRDF化の検討
  
• UniProtのRDFの検証
  

• 11/23 (会議＠名古屋)