BH11.11/ヒト・環境メタゲノムメタデータのオントロジー整備とRDF化

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	* 菅原先生 (DDBJ) 培地・分離源情報のRDF化 [sgw]		* 菅原先生 (DDBJ) 培地・分離源情報のRDF化 [sgw]

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2011年11月22日 (火) 08:05時点における版

目次 1 目標 2 今回の議題 3 進め方 4 関連・支流 5 将来的な連携？ 6 途中経過ファイル 7 メンバー (所属) 興味

目標

• ヒトメタゲノム・環境メタゲノムのメタデータの内容を整理し、既存の制御語彙もしくはオントロジーと対応付ける方法を考える
• 上記で設計した手法を実際のデータに適用しRDFデータをつくる

今回の議題

• メタデータCategory内容について -mri
  • 統計値: どのような内容のデータがいくつくらいあるか
    • ヒトメタゲノム 7万サンプル 85 カテゴリー
    • 環境メタゲノム 4054サンプル 627 カテゴリー
  • マニュアルキュレーション出来そうなカテゴリー項目の選定
  • sanger(DDBJ FlatFile)の内容を検討 -kmn
• オントロジーとの対応 -so, yy, kwsm
• マッピング手法の調査選定とプロトタイピング -so, yy, kwsm
• NBRC菌株メタデータの整理 -sgw
  • 分離源、培地情報の整理とRDF設計

進め方

• メタデータのどのカテゴリーを対象とするか
  • 環境メタゲノムの生育場所に関連する情報を対象にする

• どのようなオントロジーを使うか
  • 先行研究のサーベイ
    • Genome Standard ConsortiumでのEnvOとGOLDのマッピング試み
    • GOLDにおけるゲノム・メタゲノムのHabitatデータとEnvOとのマッピング 方向性は同じ、違いはRDF化するかしないか、predicateに何を使うか、など。
    • 5255株の細菌について、分離源をEnvOで表現した試み 分離源の記述にもEnvOが用いられている。
    • PhenomeNet Robert論文
  • カテゴリー選抜した値のみをBioPortal Ontolo gy Recommenderに再度投げて推薦オントロジーの内容を精査する
    • 検索結果のオントロジー規模の偏りを標準化する秘密のコマンドを金さんに聞くこと

• マッピング作業の設計
  • predicateの選定 - so, kwsm, yy, kim
    • skos
    • rdfs
    • foaf
    • owl
    • sioc
  • カテゴリー名の名寄せ
    • カテゴリーのピックアップ (済) → ファイル共有
    • カテゴリ内の値を取る (済) → ファイル共有
    • Habitatに関する38カテゴリは、サンプル内でそれらをまとめて1-2の大きなHabitatカテゴリとしてしまっても問題は無さそう。-mri
    • サンプルごとにEnvOへのマッピングを検討中 -mri
    • カテゴリー名の表記ゆれの個別の値、サンプルIDをトレースできるようにする
  • Test (例)の設計重要 -kim

• 作業設計のまとめ
  • 利用ボキャブラリー, オントロジー, predicate, を元に作業マニュアルを共有
    • 作業マニュアル
• 作業分担

関連・支流

• BioProject, BioSample ヒアリング (神沼さん)
  • DDBJ(GenBank flatfile)のENV divisionデータの整理:

　　　　　Release 87.0(2011/9版) SOURCE /isolation_source, Accession数=約370万, ユニークタグ数=18,428

• 論文マイニングによる元データの拡張 (おおた)
  • 論文出てるメタゲらしきデータ。57個。 http://g86.dbcls.jp/~inut/dono/publication_metagenome.html

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将来的な連携？

• メタデータによる各機関のリソース連携案 -kmn

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途中経過ファイル

• 2011/11/22

メンバー (所属) 興味

• 菅原先生 (DDBJ) 培地・分離源情報のRDF化 [sgw]
• 重元さん (DDBJ) GTPS, 各種RDF化
• 大田さん (DBCLS) SRAメタデータ整理 NGSデータ整理
• 内藤さん (DBCLS) "GGRNA"高速配列検索, RNA配列, DNA配列
• 岡本 (DBCLS) アノテーション, キュレーション, 微生物ゲノム [so]
• 内山先生 (NIBB) オーソログ分類→メタゲノム, MBGD
• 西出さん (NIBB) MBGD開発実務
• 千葉さん (NIBB) MBGD開発実務, 微生物統合プロジェクト
• 川島さん (HGC) ゲノム環境オントロジー, LinkDB RDF化 [kwsm]
• 山本さん (DBCLS) Text Mining, 表記ゆれの吸収など [yy]
• 神沼さん (DDBJ) DRA, DTA, DOR/CIBEX, BioSample, BioProject [kmn]
• 森さん (東工大) メタゲノム比較, microbe.jp, 微生物統合プロジェクト [mri]
• 竹原さん (東工大) メタゲノム比較, 微生物統合プロジェクト
• 吉野さん (東工大) メタゲノム比較, 微生物統合プロジェクト
• 後藤さん (阪大) 病原菌メタゲノム, OpenBio

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