BH11.11/ヒト・環境メタゲノムメタデータのオントロジー整備とRDF化
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2011年11月22日 (火) 08:05時点における版
目次 |
目標
- ヒトメタゲノム・環境メタゲノムのメタデータの内容を整理し、既存の制御語彙もしくはオントロジーと対応付ける方法を考える
- 上記で設計した手法を実際のデータに適用しRDFデータをつくる
今回の議題
- メタデータCategory内容について -mri
- 統計値: どのような内容のデータがいくつくらいあるか
- ヒトメタゲノム 7万サンプル 85 カテゴリー
- 環境メタゲノム 4054サンプル 627 カテゴリー
- マニュアルキュレーション出来そうなカテゴリー項目の選定
- sanger(DDBJ FlatFile)の内容を検討 -kmn
- 統計値: どのような内容のデータがいくつくらいあるか
- オントロジーとの対応 -so, yy, kwsm
- マッピング手法の調査選定とプロトタイピング -so, yy, kwsm
- NBRC菌株メタデータの整理 -sgw
- 分離源、培地情報の整理とRDF設計
進め方
- メタデータのどのカテゴリーを対象とするか
- 環境メタゲノムの生育場所に関連する情報を対象にする
- どのようなオントロジーを使うか
- 先行研究のサーベイ
- Genome Standard ConsortiumでのEnvOとGOLDのマッピング試み
- GOLDにおけるゲノム・メタゲノムのHabitatデータとEnvOとのマッピング 方向性は同じ、違いはRDF化するかしないか、predicateに何を使うか、など。
- 5255株の細菌について、分離源をEnvOで表現した試み 分離源の記述にもEnvOが用いられている。
- PhenomeNet Robert論文
- カテゴリー選抜した値のみをBioPortal Ontolo gy Recommenderに再度投げて推薦オントロジーの内容を精査する
- 検索結果のオントロジー規模の偏りを標準化する秘密のコマンドを金さんに聞くこと
- 先行研究のサーベイ
- マッピング作業の設計
- 作業設計のまとめ
- 利用ボキャブラリー, オントロジー, predicate, を元に作業マニュアルを共有
- 作業分担
関連・支流
- BioProject, BioSample ヒアリング (神沼さん)
- DDBJ(GenBank flatfile)のENV divisionデータの整理:
Release 87.0(2011/9版) SOURCE /isolation_source, Accession数=約370万, ユニークタグ数=18,428
- 論文マイニングによる元データの拡張 (おおた)
- 論文出てるメタゲらしきデータ。57個。 http://g86.dbcls.jp/~inut/dono/publication_metagenome.html
将来的な連携?
- メタデータによる各機関のリソース連携案 -kmn
途中経過ファイル
- 2011/11/22
メンバー (所属) 興味
- 菅原先生 (DDBJ) 培地・分離源情報のRDF化 [sgw]
- 重元さん (DDBJ) GTPS, 各種RDF化
- 大田さん (DBCLS) SRAメタデータ整理 NGSデータ整理
- 内藤さん (DBCLS) "GGRNA"高速配列検索, RNA配列, DNA配列
- 岡本 (DBCLS) アノテーション, キュレーション, 微生物ゲノム [so]
- 内山先生 (NIBB) オーソログ分類→メタゲノム, MBGD
- 西出さん (NIBB) MBGD開発実務
- 千葉さん (NIBB) MBGD開発実務, 微生物統合プロジェクト
- 川島さん (HGC) ゲノム環境オントロジー, LinkDB RDF化 [kwsm]
- 山本さん (DBCLS) Text Mining, 表記ゆれの吸収など [yy]
- 神沼さん (DDBJ) DRA, DTA, DOR/CIBEX, BioSample, BioProject [kmn]
- 森さん (東工大) メタゲノム比較, microbe.jp, 微生物統合プロジェクト [mri]
- 竹原さん (東工大) メタゲノム比較, 微生物統合プロジェクト
- 吉野さん (東工大) メタゲノム比較, 微生物統合プロジェクト
- 後藤さん (阪大) 病原菌メタゲノム, OpenBio