BH11.11/セマンティックゲノムアノテーションデータベースの試作/CyanoBase

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Gene.ttl

<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       genbank:location        "152..412" .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:coordinate       "Chr:152..412" .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:fdirection       "+" .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:fstart   152 .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:fstop    412 .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       rdf:type        <http://purl.org/obo/owl/SO#SO_0000316> .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       genbank:protein_id      "BAI87842.1" .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       genbank:transl_table    "11" .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       genbank:product "hypothetical protein" .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       genbank:db_xref "GI:291565570" .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       genbank:locus_tag       "NIES39_A00010" .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       genbank:codon_start     1 .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:faa      <http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010.faa> .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:fna      <http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010.fna> .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:gff      <http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010.gff> .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:rdf      <http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010.rdf> .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:genomic_context  <http://g.kazusa.or.jp/cgi-bin/gbrowse/NIES39/?name=NIES39_A00010;start=-1848;stop=2412;ref=Chr;width=640;version=100;label=ORF-Locus-gene-CDS-ProteinCoding-IPR-ncRNAs-BAC;h_feat=NIES39_A00010%40yellow;grid=on> .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:genomic_context  <http://g.kazusa.or.jp/cgi-bin/gbrowse_img/NIES39/?name=Chr:-1848..2412;type=Locus;width=480;keystyle=between;grid=on;h_feat=NIES39_A00010@yellow> .

CyanoBaseで扱っているINSDC FeaturesとSOの対応

INSDC FeaturesSO AccessionSO term
geneSO:0000704gene
CDSSO:0000316CDS
tRNASO:0000253tRNA
rRNASO:0000252rRNA
ncRNASO:0000655ncRNA
tmRNASO:0000584tmRNA
misc_featureSO:0000001region
misc_RNASO:0000673transcript
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