BH11.11/セマンティックゲノムアノテーションデータベースの試作/CyanoBase

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=== Gene.ttl ===
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=== metadata.ttl ===
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=== gene.ttl ===
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||CDS||[http://www.sequenceontology.org/miso/current_release/term/SO:0000316 SO:0000316]||CDS
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2011年11月22日 (火) 08:20時点における版

metadata.ttl

<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39>   rdf:type        kazusa:DSN .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39>   rdfs:label      "Arthrospira platensis NIES-39" .
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<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39>   kazusa:lineage  "Bacteria; Cyanobacteria; Oscillatoriales; Arthrospira; Arthrospira platensis." .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39>   kazusa:kegg_prefix      "KEGG_PREFIX" .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39>   kazusa:gtop_prefix      "GTOP_PREFIX" .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39>   kazusa:pedant_prefix    "PEDANT_PREFIX" .

<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39>   kazusa:sequence <http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/map/Chr> .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/map/Chr>   rdfs:label      "Chr" .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/map/Chr>   kazusa:length   6788435 .
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<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/map/Chr>   rdfs:seeAlso    <http://togows.dbcls.jp/entry/ncbi-genbank/AP011615> .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/map/Chr>   rdfs:seeAlso    <http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?refseq:AP011615> .

gene.ttl

<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       genbank:location        "152..412" .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:coordinate       "Chr:152..412" .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:fdirection       "+" .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:fstart   152 .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:fstop    412 .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       rdf:type        <http://purl.org/obo/owl/SO#SO_0000316> .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       genbank:protein_id      "BAI87842.1" .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       genbank:transl_table    "11" .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       genbank:product "hypothetical protein" .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       genbank:db_xref "GI:291565570" .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       genbank:locus_tag       "NIES39_A00010" .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       genbank:codon_start     1 .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:faa      <http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010.faa> .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:fna      <http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010.fna> .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:gff      <http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010.gff> .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:rdf      <http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010.rdf> .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:genomic_context  <http://g.kazusa.or.jp/cgi-bin/gbrowse/NIES39/?name=NIES39_A00010;start=-1848;stop=2412;ref=Chr;width=640;version=100;label=ORF-Locus-gene-CDS-ProteinCoding-IPR-ncRNAs-BAC;h_feat=NIES39_A00010%40yellow;grid=on> .
<http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/NIES39/genes/NIES39_A00010>       kazusa:genomic_context  <http://g.kazusa.or.jp/cgi-bin/gbrowse_img/NIES39/?name=Chr:-1848..2412;type=Locus;width=480;keystyle=between;grid=on;h_feat=NIES39_A00010@yellow> .

CyanoBaseで扱っているINSDC FeaturesとSOの対応

INSDC FeaturesSO AccessionSO term
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CDSSO:0000316CDS
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個人用ツール