BH11.11/セマンティックゲノムアノテーションデータベースの試作

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(ゲノムDB毎のゲノム情報レポートを構成する要素(Stanza)の調査および整理)
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# Stanzaを構成するRDF設計'''太字'''
# Stanzaを構成するRDF設計'''太字'''
# Visualizationの設計
# Visualizationの設計
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=== ゲノムDB毎のゲノム情報レポートを構成する要素(Stanza)の調査および整理 ===
=== ゲノムDB毎のゲノム情報レポートを構成する要素(Stanza)の調査および整理 ===
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* UniProtとCyanoBaseから抽出したstanza確認
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* UniProtとCyanoBaseから抽出したstanza確認 - 事前調査済 -ktym, so
*# General summary of organisms
*# General summary of organisms
*# General summary
*# General summary
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** [http://www.jibbering.com/rdf-parser/ rdf-parse]
** [http://www.jibbering.com/rdf-parser/ rdf-parse]
**  [http://mbostock.github.com/protovis/ protovis]
**  [http://mbostock.github.com/protovis/ protovis]
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== メンバ==
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* ktym
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* tf
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* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH11.11 BH11.11 Top page]
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH11.11 BH11.11 Top page]

2011年11月21日 (月) 07:47時点における版

目次

作業手順

  1. ゲノムDB毎のゲノム情報レポートを構成する要素(Stanza)の調査および整理
    1. UniProtとCyanoBaseから抽出したstanza確認
    2. stanza洗い出しのために確認するDB調査
    3. Stanzaを構成する元情報のリストおよびRDF要素をKeynoteにまとめ
  2. Stanzaを構成するRDF設計太字
  3. Visualizationの設計

ゲノムDB毎のゲノム情報レポートを構成する要素(Stanza)の調査および整理

  • UniProtとCyanoBaseから抽出したstanza確認 - 事前調査済 -ktym, so
    1. General summary of organisms
    2. General summary
    3. Genomic context
    4. Transcript attributes
    5. Protein attributes
    6. Protein-protein interactions
    7. Visual annotation format
    8. Table annotation format
    9. Homologs (in NR)
    10. Homologs (in selected orgs)
    11. Gene annotation (GO etc.)
    12. References
    13. External links
    14. Mutants
    15. Revision history
    16. API
  • 調査対象のDB候補
    1. UniProt
    2. transcript, non-coding RNA
    3. Refseq
    4. DDBJ, GTPS - 重元さん
    5. ensembl, UCSC -内藤さん siRNA、太田 SRA
    6. WormBase -GFF3
    7. CyanoBase/RhizoBase

Stanzaを構成するRDF設計

Visualizationの設計

メンバ

  • ktym
  • tf

個人用ツール