BH11.11/オーソログテーブルのRDF化

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オーソログクラスターのRDFの試作

http://mbgd.genome.ad.jp:8036/rdf/orthogroup/5820

オーソログテーブル全体のRDF化

  • MBGDテキストファイル形式(dclst形式)→ RDF(Turtle)
    • 変換スクリプトの作成(千葉)
  • Sesameへのロード
http://localhost:8080/openrdf-workbench/repositories/mbgd9/summary
  • SPARQLによる検索

オーソログテーブルのXML化 (OrthoXML)

  • OrthoXML を利用したオーソログテーブルのRDF化(金城さん)

select $cluster_name $gene $score $mbgd $cog $kegg $tigr $dist $org $gene_name $domain_start $domain_end where { $gene_id1 rdfs:label "dra:DR_A0139". $gene_id1 mbgd:hasDomain $domain_id1. $cluster_id mbgd:clusterMember $domain_id1. $cluster_id mbgd:clusterMember $domain_id2. $cluster_id mbgd:clusterScore $score. $cluster_id mbgd:geneSymbol $gene. $cluster_id mbgd:funcMbgd $mbgd. $cluster_id mbgd:funcCog $cog. $cluster_id mbgd:funcKegg $kegg. $cluster_id mbgd:funcTigr $tigr. $cluster_id mbgd:dist $dist. $gene_id2 mbgd:hasDomain $domain_id2. $gene_id2 mbgd:organism $org. $cluster_id rdfs:label $cluster_name. $gene_id2 rdfs:label $gene_name. $domain_id2 mbgd:domainNumber $domain_number. $domain_id2 mbgd:domainStart $domain_start. $domain_id2 mbgd:domainEnd $domain_end. }

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