BH11.11/オーソログテーブルのRDF化

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*MBGDテキストファイル形式(dclst形式)→ RDF(Turtle)  
*MBGDテキストファイル形式(dclst形式)→ RDF(Turtle)  
**変換スクリプトの作成(千葉)
**変換スクリプトの作成(千葉)
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Cluster 478
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#CGene nrtD
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#CFuncMbgd 7.6
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#CFuncCog 1.7
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Cluster 571
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#CGene glnQ
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*Sesameへのロード
*Sesameへのロード
  http://localhost:8080/openrdf-workbench/repositories/mbgd9/summary
  http://localhost:8080/openrdf-workbench/repositories/mbgd9/summary

2011年11月24日 (木) 08:23時点における版

オーソログクラスターのRDFの試作

http://mbgd.genome.ad.jp:8036/rdf/orthogroup/5820

オーソログテーブル全体のRDF化

  • MBGDテキストファイル形式(dclst形式)→ RDF(Turtle)
    • 変換スクリプトの作成(千葉)
////
Cluster 478
#CGene	nrtD
#CFuncMbgd	7.6
#CFuncCog	1.7
#CFuncKegg	3.1
#CFuncTigr	19
#CDescr	ABC transporter ATP-binding protein
#CScore	336.214
#CDist	133.476
aba:ACID345_0826	0	1	273
bsu:BSU08830	0	1	255
bsu:BSU30610	0	1	260
dra:DR_2198	0	1	248
dth:DICTH_0605	0	1	432
eco:B0366	0	1	255
eco:B0933	0	1	255
fnu:FN0235	0	1	242
fsu:FISUC_1083	0	1	271
fsu:FISUC_1097	0	1	267
ote:OTER_3561	0	1	258
rba:RB373	0	1	332
rba:RB374	0	1	281
syn:SLL1082	0	1	266
syn:SLL1452	1	1	284
syn:SLL1453	0	1	332
syn:SLR0043	1	1	282
syn:SLR0044	0	1	282
tai:TACI_0399	0	1	249
tma:TM0204	0	1	233
tma:TM0483	0	1	235
ttr:TTER_0230	0	1	275
ttr:TTER_1220	0	1	262
ttr:TTER_2227	0	1	267
tye:THEYE_A0142	0	1	430
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Cluster 571
#CGene	glnQ

  • Sesameへのロード
http://localhost:8080/openrdf-workbench/repositories/mbgd9/summary
  • SPARQLによる検索
    • 遺伝子 "dra:DR_A0139" のオーソログを取得
select $cluster_name $gene $score $mbgd $cog $kegg $tigr $dist $org $gene_name $domain_start $domain_end where {
$gene_id1 rdfs:label "dra:DR_A0139".
$gene_id1 mbgd:hasDomain $domain_id1.
$cluster_id mbgd:clusterMember $domain_id1.
$cluster_id mbgd:clusterMember $domain_id2.
$cluster_id mbgd:clusterScore $score.
$cluster_id mbgd:geneSymbol $gene.
$cluster_id mbgd:funcMbgd $mbgd.
$cluster_id mbgd:funcCog $cog.
$cluster_id mbgd:funcKegg $kegg.
$cluster_id mbgd:funcTigr $tigr.
$cluster_id mbgd:dist $dist.
$gene_id2 mbgd:hasDomain $domain_id2.
$gene_id2 mbgd:organism $org.
$cluster_id rdfs:label $cluster_name.
$gene_id2 rdfs:label $gene_name.
$domain_id2 mbgd:domainNumber $domain_number.
$domain_id2 mbgd:domainStart $domain_start.
$domain_id2 mbgd:domainEnd $domain_end.
}

オーソログテーブルのXML化 (OrthoXML)

  • OrthoXML を利用したオーソログテーブルのRDF化(金城さん)
個人用ツール