BH11.11/オーソログテーブルのRDF化
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#CGene glnQ | #CGene glnQ | ||
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<rdf:Description rdf:about="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/orthogroup/478"> | <rdf:Description rdf:about="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/orthogroup/478"> | ||
<rdfs:label>ABC transporter ATP-binding protein</rdfs:label> | <rdfs:label>ABC transporter ATP-binding protein</rdfs:label> | ||
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</rdf:Description> | </rdf:Description> | ||
| - | + | RDF(Turtle) - 遺伝子のグルーピングの情報のみ | |
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<http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/orthogroup/478> rdfs:label "ABC transporter ATP-binding protein" ; | <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/orthogroup/478> rdfs:label "ABC transporter ATP-binding protein" ; | ||
rdfs:member <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ttr:TTER_2227>, | rdfs:member <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ttr:TTER_2227>, | ||
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<http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLL1453> . | <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLL1453> . | ||
| - | RDF(Turtle) | + | RDF(Turtle) - 遺伝子のグルーピング情報の他、元のテキストファイルに含まれている様々な情報を全て含む |
<http://mbgd.genome.ad.jp/cluster/478> rdfs:label "ABC transporter ATP-binding protein" ; | <http://mbgd.genome.ad.jp/cluster/478> rdfs:label "ABC transporter ATP-binding protein" ; | ||
mbgd:homCluster <http://mbgd.genome.ad.jp/homcluster/1> ; | mbgd:homCluster <http://mbgd.genome.ad.jp/homcluster/1> ; | ||
2011年11月25日 (金) 05:32時点における版
- MBGD: 内山、西出、千葉（基生研）
オーソログクラスターのRDFの試作
- サンプルRDFの作成（西出）
- RDFフォーマットの擦り合わせ（藤澤さん、片山さん、加藤さん）
- テストURI
- ブラウザにはどうやって表示するようにするか？特にSafari
http://mbgd.genome.ad.jp:8036/rdf/orthogroup/5820
- MBGD遺伝子IDとRefSeq遺伝子IDの対応表（生物種synのみに限定したサンプル） → 千葉から藤澤さんに → DBCLSでの統合
オーソログテーブル全体のRDF化
- MBGDテキストファイル形式（dclst形式）→ RDF(Turtle or XML)
- 変換スクリプトの作成（千葉）
MBGDテキストファイル形式（dclst形式）
//// Cluster 478 #CGene nrtD #CFuncMbgd 7.6 #CFuncCog 1.7 #CFuncKegg 3.1 #CFuncTigr 19 #CDescr ABC transporter ATP-binding protein #CScore 336.214 #CDist 133.476 aba:ACID345_0826 0 1 273 bsu:BSU08830 0 1 255 bsu:BSU30610 0 1 260 dra:DR_2198 0 1 248 dth:DICTH_0605 0 1 432 eco:B0366 0 1 255 eco:B0933 0 1 255 fnu:FN0235 0 1 242 fsu:FISUC_1083 0 1 271 fsu:FISUC_1097 0 1 267 ote:OTER_3561 0 1 258 rba:RB373 0 1 332 rba:RB374 0 1 281 syn:SLL1082 0 1 266 syn:SLL1452 1 1 284 syn:SLL1453 0 1 332 syn:SLR0043 1 1 282 syn:SLR0044 0 1 282 tai:TACI_0399 0 1 249 tma:TM0204 0 1 233 tma:TM0483 0 1 235 ttr:TTER_0230 0 1 275 ttr:TTER_1220 0 1 262 ttr:TTER_2227 0 1 267 tye:THEYE_A0142 0 1 430 //// Cluster 571 #CGene glnQ
RDF/XML - 遺伝子のグルーピングの情報のみ
<rdf:Description rdf:about="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/orthogroup/478"> <rdfs:label>ABC transporter ATP-binding protein</rdfs:label> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/aba:ACID345_0826"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/bsu:BSU08830"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/bsu:BSU30610"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/dra:DR_2198"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/dth:DICTH_0605"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/eco:B0366"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/eco:B0933"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/fnu:FN0235"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/fsu:FISUC_1083"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/fsu:FISUC_1097"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ote:OTER_3561"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/rba:RB373"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/rba:RB374"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLL1082"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLL1452"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLL1453"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLR0043"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLR0044"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tai:TACI_0399"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tma:TM0204"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tma:TM0483"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ttr:TTER_0230"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ttr:TTER_1220"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ttr:TTER_2227"/> <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tye:THEYE_A0142"/> </rdf:Description>
RDF(Turtle) - 遺伝子のグルーピングの情報のみ
<http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/orthogroup/478> rdfs:label "ABC transporter ATP-binding protein" ; rdfs:member <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ttr:TTER_2227>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ttr:TTER_1220>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLL1452>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/eco:B0366>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tma:TM0483>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tai:TACI_0399>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/rba:RB373>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/dth:DICTH_0605>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ote:OTER_3561>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/aba:ACID345_0826>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tma:TM0204>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tye:THEYE_A0142>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/bsu:BSU08830>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ttr:TTER_0230>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/bsu:BSU30610>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLR0043>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/eco:B0933>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/fsu:FISUC_1083>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/dra:DR_2198>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLL1082>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/fnu:FN0235>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/fsu:FISUC_1097>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLR0044>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/rba:RB374>, <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLL1453> .
RDF(Turtle) - 遺伝子のグルーピング情報の他、元のテキストファイルに含まれている様々な情報を全て含む
<http://mbgd.genome.ad.jp/cluster/478> rdfs:label "ABC transporter ATP-binding protein" ; mbgd:homCluster <http://mbgd.genome.ad.jp/homcluster/1> ; mbgd:clusterScore 336.214 ; mbgd:geneSymbol "nrtD" ; mbgd:funcMbgd 7.6 ; mbgd:funcCog 1.7 ; mbgd:funcKegg 3.1 ; mbgd:funcTigr 19 ; mbgd:dist 133.476 ; mbgd:clusterMember <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/aba:ACID345_0826/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/bsu:BSU08830/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/bsu:BSU30610/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/dra:DR_2198/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/dth:DICTH_0605/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/eco:B0366/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/eco:B0933/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/fnu:FN0235/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/fsu:FISUC_1083/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/fsu:FISUC_1097/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/ote:OTER_3561/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/rba:RB373/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/rba:RB374/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/syn:SLL1082/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/syn:SLL1452/1>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/syn:SLL1453/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/syn:SLR0043/1>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/syn:SLR0044/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/tai:TACI_0399/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/tma:TM0204/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/tma:TM0483/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/ttr:TTER_0230/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/ttr:TTER_1220/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/ttr:TTER_2227/0>, <http://mbgd.genome.ad.jp/gene/tye:THEYE_A0142/0> .
- Sesameへのロード
http://localhost:8080/openrdf-workbench/repositories/mbgd9/summary
- SPARQLによる検索
- 遺伝子 "dra:DR_A0139" のオーソログを取得
select $cluster_name $gene $score $mbgd $cog $kegg $tigr $dist $org $gene_name $domain_start $domain_end where {
$gene_id1 rdfs:label "dra:DR_A0139".
$gene_id1 mbgd:hasDomain $domain_id1.
$cluster_id mbgd:clusterMember $domain_id1.
$cluster_id mbgd:clusterMember $domain_id2.
$cluster_id mbgd:clusterScore $score.
$cluster_id mbgd:geneSymbol $gene.
$cluster_id mbgd:funcMbgd $mbgd.
$cluster_id mbgd:funcCog $cog.
$cluster_id mbgd:funcKegg $kegg.
$cluster_id mbgd:funcTigr $tigr.
$cluster_id mbgd:dist $dist.
$gene_id2 mbgd:hasDomain $domain_id2.
$gene_id2 mbgd:organism $org.
$cluster_id rdfs:label $cluster_name.
$gene_id2 rdfs:label $gene_name.
$domain_id2 mbgd:domainNumber $domain_number.
$domain_id2 mbgd:domainStart $domain_start.
$domain_id2 mbgd:domainEnd $domain_end.
}
オーソログテーブルのXML化 (OrthoXML)
- XMLファイル、スタイルシートを作成
- OrthoXML
http://orthoxml.org/0.3/orthoxml_doc_v0.3.html
- スタイルシートを利用したオーソログテーブルのRDF化（金城さん）
