高速アミノ酸配列検索

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目次

概要

  • アミノ酸配列の検索に特化したサイト
  • 短いアミノ酸配列をミスマッチを許容しつつ高速に検索したい
    • 高速ゲノム検索GGGenomeのアミノ酸配列版に相当
    • MS解析などに役立つ

検索アルゴリズムとインターフェース

検索したいアミノ酸配列のデータベース

  • UniProt
    • まずはヒトのsubsetを対象とする
  • RefSeqタンパク (NP_* / XP_*)
  • GENCODE
    • RefSeqよりもtranscriptのvariantが網羅されている
    • アミノ酸配列に翻訳する必要がある
  • (ヒト)ゲノム
    • 全フレーム翻訳してアミノ酸配列に変換したもの
      • 未知のペプチドをゲノムから探せるようにする
    • 疾患ゲノム(リファレンスゲノムとの差分だけで十分)
      • 疾患固有のタンパクを検索できるようにする
  • PDB

検討事項

  • サービスの名称
    • GGGenome(ゲゲゲノム)様のネーミングを踏襲しPPProt(プププロット)、PPPeptide(ぺぺペプチド)などが候補
      • PPとは?(ねたがみつからない)
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