糖鎖情報のRDF連携について
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以下のクエリで"FUT9"を取得。 | 以下のクエリで"FUT9"を取得。 |
2017年5月16日 (火) 02:31時点における版
目次 |
糖鎖関連遺伝子のデータベース
- 糖鎖関連遺伝子のデータベース、GGDB(産総研で開発)
- RDF化されている
- RefSeqのリソースURI が使われている。ex. http://identifiers.org/refseq/NP_003024
- UniProt のTaxonomy URI が使われている。ex. http://purl.uniprot.org/taxonomy/9606
- UniProt で利用されているアクセッション番号を含んだ URI は含まれていなかった。
UniProtとの連携を探る
例として、ST3GAL1を例として UniProt のRDFを見てみる。
- UniProtの検索フォームに、「ST3GAL1」のみを突っ込んだら、当たり前だが、3桁の結果が出てきたので、「NP_003024」をクエリとして投げた。
- Q11201を選択し、エントリーのRDFを見てみる。
- http://identifiers.org/refseq/NP_003024 の記述は、UniProt のRDFでは見つからなかった。
- NP_003024.1というバージョンが入っているものが URIとして利用されていた。
- 最新のバージョンを togows.org を使って取りに行く
Gene symbol を UniProt Accession にコンバートしてみる
- IDをコンバートできるサイト
- http://biodb.jp/
- ID Converterで、HUGO gene symbol —> UniProt Accession ができる
- GGDB の HUGO gene symbol から UniProt Accession へ変換してみる
- ST3GAL1
- --> Q11201 (homo sapiense)
- ST3GAL1
- 他の gene symbolからでも、変換してみる
- FUT9
- --> B4DEW1 (homo sapiense)
- --> Q5Q0U2 (homo sapiense)
- --> Q9BUV6 (homo sapiense)
- --> Q9Y231 (homo sapiense)
- FUT9
- gene symbolで、対応を取るだけなら、コンバーター使わなくても、SPARQLの文字列マッチでできるはず。
SPARQL クエリ
対応を取るための、sparql クエリをつくる。
PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/> PREFIX ggdb: <http://purl.jp/bio/12/ggdb/2015/6/owl#> PREFIX edam: <http://edamontology.org/> PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#> CONSTRUCT{ ?glycogene a ggdb:Glycogene. ?glycogene ggdb:has_gene ?up_gene. ?up_gene a up:Gene. } WHERE{ ?glycogene a ggdb:Glycogene; ggdb:has_gene ?gene. ?gene a edam:data2299; rdfs:label ?gene_name. SERVICE SILENT <http://sparql.uniprot.org> { ?up_gene a up:Gene; skos:prefLabel ?gene_name. } }
クエリが正しいかどうか、未確認。。。
- スクリーニングには、いいかもしれない
- キュレーションとしての使用はできない
Federated query
2017/5/15記述
docker-virtuosoを使ってローカルで、federated queryを行った。
VirtuosoのConductorにある、ISQLフォームに以下を実行。
grant select on "DB.DBA.SPARQL_SINV_2" to "SPARQL"; grant execute on "DB.DBA.SPARQL_SINV_IMP" to "SPARQL";
UniProtのエンドポイントで使えるクエリを拾ってきたので、以下のクエリを実行。
SELECT * WHERE { SERVICE <http://sparql.uniprot.org/sparql> { <http://purl.uniprot.org/uniprot/P38398> ?p ?o . } }
結果、エンドポイントからの検索結果が表示された。
p o http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#type http://purl.uniprot.org/core/Protein http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#seeAlso http://purl.uniprot.org/mim/114480 http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#seeAlso http://purl.uniprot.org/mim/167000 http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#seeAlso http://purl.uniprot.org/mim/604370 http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#seeAlso http://purl.uniprot.org/mim/614320 http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#seeAlso http://purl.uniprot.org/intact/P38398 http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#seeAlso http://purl.uniprot.org/iptmnet/P38398 ...
cURLを使ったRDFの更新
2017/5/15記述
GGDB(FUT9)のRDFをダウンロード
$ wget http://acgg.asia/ggdb2/gg008.ttl
TTLをcURLで、ローカルのVirtuosoへアップロード (PUT)
参考:https://virtuoso.openlinksw.com/dataspace/doc/dav/wiki/Main/VirtGraphProtocolCURLExamples
$ curl --digest --user dba:dba --verbose --url "http://localhost:8890/sparql-graph-crud-auth?graph-uri=http://rdf.glycoinfo.org/ggdb/fut9" -T gg008.ttl
RDFが入った模様
$ curl --verbose --url "http://localhost:8890/sparql-graph-crud?graph-uri=http://rdf.glycoinfo.org/ggdb/fut9" * Trying ::1... * TCP_NODELAY set * Connected to localhost (::1) port 8890 (#0) > GET /sparql-graph-crud?graph-uri=http://rdf.glycoinfo.org/ggdb/fut9 HTTP/1.1 > Host: localhost:8890 > User-Agent: curl/7.51.0 > Accept: */* > < HTTP/1.1 200 OK < Server: Virtuoso/07.20.3217 (Linux) x86_64-unknown-linux-gnu < Connection: Keep-Alive < Date: Mon, 15 May 2017 08:08:48 GMT < Accept-Ranges: bytes < Content-Type: text/turtle; charset=UTF-8 < Content-Length: 36092 < @prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> . @prefix up: <http://purl.uniprot.org/core/> . <http://purl.uniprot.org/taxonomy/9606> rdf:type up:Taxon . @prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> . <http://purl.uniprot.org/taxonomy/9606> rdfs:label "Homo sapiens" ; rdfs:seeAlso <http://identifiers.org/taxonomy/9606> . <http://acgg.asia/ggdb2/img/structure/175_JCGG-STR029404.png> rdfs:label "175_JCGG-STR029404.png" . ...
rdfs:labelの"FUT9"を取り出す
2017/5/15記述
GGDBのRDFに記述されている"rdfs:label"から、"FUT9"をSPARQLで取り出す
以下のクエリで"FUT9"を取得。
PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/> PREFIX ggdb: <http://purl.jp/bio/12/ggdb/2015/6/owl#> PREFIX edam: <http://edamontology.org/> PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#> PREFIX sio: <http://semanticscience.org/resource/> select distinct * from <http://rdf.glycoinfo.org/ggdb/fut9> where{ ?glycogene a ggdb:Glycogene; ggdb:has_gene ?gene. ?gene sio:SIO_000008 ?gene_name. ?gene_name a edam:data_2299. ?gene_name rdfs:label ?gene_name_label. }
以下が、結果。
glycogene gene gene_name gene_name_label http://acgg.asia/ggdb2/gg008 http://acgg.asia/ggdb2/gg008#gene http://acgg.asia/ggdb2/gg008#genename "FUT9"