糖鎖情報のRDF連携について

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2017年5月15日 (月) 08:14時点における版

糖鎖関連遺伝子のデータベース

糖鎖関連遺伝子のデータベース、GGDB（産総研で開発）
- RDF化されている
- RefSeqのリソースURI が使われている。ex. http://identifiers.org/refseq/NP_003024
- UniProt のTaxonomy URI が使われている。ex. http://purl.uniprot.org/taxonomy/9606
UniProt で利用されているアクセッション番号を含んだ URI は含まれていなかった。

UniProtとの連携を探る

例として、ST3GAL1を例として UniProt のRDFを見てみる。

UniProtの検索フォームに、「ST3GAL1」のみを突っ込んだら、当たり前だが、3桁の結果が出てきたので、「NP_003024」をクエリとして投げた。
- http://www.uniprot.org/uniprot/?query=NP_003024&sort=score
Q11201を選択し、エントリーのRDFを見てみる。
- http://www.uniprot.org/uniprot/Q11201.ttl
http://identifiers.org/refseq/NP_003024 の記述は、UniProt のRDFでは見つからなかった。
- NP_003024.1というバージョンが入っているものが URIとして利用されていた。
最新のバージョンを togows.org を使って取りに行く
- http://togows.org/entry/protein/NP_003024/version

Gene symbol を UniProt Accession にコンバートしてみる

IDをコンバートできるサイト
- http://biodb.jp/
- ID Converterで、HUGO gene symbol —> UniProt Accession ができる

GGDB の HUGO gene symbol から UniProt Accession へ変換してみる
- ST3GAL1
  - --> Q11201 (homo sapiense)
他の gene symbolからでも、変換してみる
- FUT9
  - --> B4DEW1 (homo sapiense)
  - --> Q5Q0U2 (homo sapiense)
  - --> Q9BUV6 (homo sapiense)
  - --> Q9Y231 (homo sapiense)

gene symbolで、対応を取るだけなら、コンバーター使わなくても、SPARQLの文字列マッチでできるはず。

SPARQL クエリ

対応を取るための、sparql クエリをつくる。

PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> 
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> 
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/> 
PREFIX ggdb:  <http://purl.jp/bio/12/ggdb/2015/6/owl#> 
PREFIX edam:  <http://edamontology.org/> 
PREFIX skos:  <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#> 

CONSTRUCT{
	?glycogene a ggdb:Glycogene.
	?glycogene ggdb:has_gene ?up_gene.	
	?up_gene a up:Gene.
}
WHERE{
	?glycogene a ggdb:Glycogene;
		ggdb:has_gene ?gene.

	?gene a edam:data2299;
		rdfs:label ?gene_name.

	SERVICE SILENT <http://sparql.uniprot.org> {
		?up_gene a up:Gene; 
			skos:prefLabel ?gene_name.
	}
}

クエリが正しいかどうか、未確認。。。

スクリーニングには、いいかもしれない
キュレーションとしての使用はできない

Federated query

2017/5/15記述

docker-virtuosoを使ってローカルで、federated queryを行った。

VirtuosoのConductorにある、ISQLフォームに以下を実行。

grant select on "DB.DBA.SPARQL_SINV_2" to "SPARQL";
grant execute on "DB.DBA.SPARQL_SINV_IMP" to "SPARQL";

UniProtのエンドポイントで使えるクエリを拾ってきたので、以下のクエリを実行。

SELECT *
WHERE {
  SERVICE <http://sparql.uniprot.org/sparql> {
    <http://purl.uniprot.org/uniprot/P38398> ?p ?o .
  }
}

結果、エンドポイントからの検索結果が表示された。

p	o
http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#type	http://purl.uniprot.org/core/Protein
http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#seeAlso	http://purl.uniprot.org/mim/114480
http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#seeAlso	http://purl.uniprot.org/mim/167000
http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#seeAlso	http://purl.uniprot.org/mim/604370
http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#seeAlso	http://purl.uniprot.org/mim/614320
http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#seeAlso	http://purl.uniprot.org/intact/P38398
http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#seeAlso	http://purl.uniprot.org/iptmnet/P38398 
...

cURLを使ったRDFの更新

GGDB（FUT9）のRDFをダウンロード

$ wget http://acgg.asia/ggdb2/gg008.ttl

TTLをcURLで、ローカルのVirtuosoへアップロード (PUT)

参考：https://virtuoso.openlinksw.com/dataspace/doc/dav/wiki/Main/VirtGraphProtocolCURLExamples

$ curl --digest --user dba:dba --verbose --url "http://localhost:8890/sparql-graph-crud-auth?graph-uri=http://rdf.glycoinfo.org/ggdb/fut9" -T gg008.ttl

RDFが入った模様

$ curl --verbose --url "http://localhost:8890/sparql-graph-crud?graph-uri=http://rdf.glycoinfo.org/ggdb/fut9"
*   Trying ::1...
* TCP_NODELAY set
* Connected to localhost (::1) port 8890 (#0)
> GET /sparql-graph-crud?graph-uri=http://rdf.glycoinfo.org/ggdb/fut9 HTTP/1.1
> Host: localhost:8890
> User-Agent: curl/7.51.0
> Accept: */*
> 
< HTTP/1.1 200 OK
< Server: Virtuoso/07.20.3217 (Linux) x86_64-unknown-linux-gnu  
< Connection: Keep-Alive
< Date: Mon, 15 May 2017 08:08:48 GMT
< Accept-Ranges: bytes
< Content-Type: text/turtle; charset=UTF-8
< Content-Length: 36092
< 
@prefix rdf:	<http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix up:	<http://purl.uniprot.org/core/> .
<http://purl.uniprot.org/taxonomy/9606>	rdf:type	up:Taxon .
@prefix rdfs:	<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
<http://purl.uniprot.org/taxonomy/9606>	rdfs:label	"Homo sapiens" ;
	rdfs:seeAlso	<http://identifiers.org/taxonomy/9606> .
<http://acgg.asia/ggdb2/img/structure/175_JCGG-STR029404.png>	rdfs:label	"175_JCGG-STR029404.png" .

@@ 69行： / 69行： @@
 * キュレーションとしての使用はできない
-==Federated query (5/15追記)==
+==Federated query==
+/5/15記述
 docker-virtuosoを使ってローカルで、federated queryを行った。