天然物/単糖

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(何が問題か?)
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* IUPACやCASでは、天然物の他に化学合成化合物も扱うため、様々な構造がある。例えば”C-グリコシド”であれば単糖のアノマー位に長鎖アルキルを持つものなどがある。
* IUPACやCASでは、天然物の他に化学合成化合物も扱うため、様々な構造がある。例えば”C-グリコシド”であれば単糖のアノマー位に長鎖アルキルを持つものなどがある。
* 現在のWURCSの単糖認識のルールでは、単糖に含めたくない構造も含んでしまう。これを何とかしたい。
* 現在のWURCSの単糖認識のルールでは、単糖に含めたくない構造も含んでしまう。これを何とかしたい。
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== 最も小さい単糖は ==
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* グリセルアルデヒド (glyceraldehyde) [[http://nikkajiweb.jst.go.jp/nikkaji_web/pages/top.jsp?CONTENT=syosai&SN=J9.119G 日化辞へリンク]]
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** 単糖のDL表記法の基準になっているので、これは単糖でしょう。
= 既存の定義 =
= 既存の定義 =

2014年10月28日 (火) 06:31時点における版

目次

メンバー

山田

目的

  • 単糖、糖鎖の定義明確化
  • 単糖定義のIUPAC命名委員会への提案
  • 天然物の何処が糖?
    • 天然物を”糖”、”脂質”、”ペプチド”などの構成で表現したい。化合物のRDF化表現の検討

単糖の定義再考

  • 単糖の定義を明確にしなければ、なにが糖鎖なのかも曖昧になってしまう。
  • 何が単糖なのか?は明確に定義されていない。曖昧でなんでも含んでしまう?
  • 既存の定義にしてもIUPACとCASで異なる。

何が問題か?

  • IUPACやCASでは、天然物の他に化学合成化合物も扱うため、様々な構造がある。例えば”C-グリコシド”であれば単糖のアノマー位に長鎖アルキルを持つものなどがある。
  • 現在のWURCSの単糖認識のルールでは、単糖に含めたくない構造も含んでしまう。これを何とかしたい。

最も小さい単糖は

  • グリセルアルデヒド (glyceraldehyde) [日化辞へリンク]
    • 単糖のDL表記法の基準になっているので、これは単糖でしょう。

既存の定義

  • Carbohydrate[IUPAC-IUBMB]
    • IUPAC-IUBMB C3~, H-[CHOH]n-CHO or H-[CHOH]n-CO-[CHOH]m-H
      • aldoses, dialdoses, aldoketoses, ketoses, diketoses, deoxy sugars, amino sugars, their derivatives, compound has a (potential) carbonyl group.[Monosaccharides]
    • CAS C5~

これまでの検討

  • BH13.13においてKNApSAcK, Flavonoid DatabaseのWURCSへの変換を実施したが、変換結果を見ると”単糖なのか?”という構造が含まれていた。 BH13.13/glycodb
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