天然物/単糖

提供:TogoWiki

(版間での差分)
移動: 案内, 検索
(既存の定義)
(何が問題か?)
8行: 8行:
== 何が問題か? ==
== 何が問題か? ==
-
* IUPACやCASでは、天然物の他に合成化合物も扱うため、様々な構造がある。例えば”C-グリコシド”であれば単糖のアノマー位に長鎖アルキルを持つものなどがある。
+
* IUPACやCASでは、天然物の他に化学合成化合物も扱うため、様々な構造がある。例えば”C-グリコシド”であれば単糖のアノマー位に長鎖アルキルを持つものなどがある。
* 現在のWURCSの単糖認識のルールでは、単糖に含めたくない構造も含んでしまう。これを何とかしたい。
* 現在のWURCSの単糖認識のルールでは、単糖に含めたくない構造も含んでしまう。これを何とかしたい。

2014年10月28日 (火) 06:16時点における版

目次

メンバー

山田

単糖の定義再考

  • 単糖の定義を明確にしなければ、なにが糖鎖なのかも曖昧になってしまう。
  • 何が単糖なのか?は明確に定義されていない。曖昧でなんでも含んでしまう?
  • 既存の定義にしてもIUPACとCASで異なる。

何が問題か?

  • IUPACやCASでは、天然物の他に化学合成化合物も扱うため、様々な構造がある。例えば”C-グリコシド”であれば単糖のアノマー位に長鎖アルキルを持つものなどがある。
  • 現在のWURCSの単糖認識のルールでは、単糖に含めたくない構造も含んでしまう。これを何とかしたい。

既存の定義

  • Carbohydrate[IUPAC-IUBMB]
    • IUPAC-IUBMB C3~, H-[CHOH]n-CHO or H-[CHOH]n-CO-[CHOH]m-H
      • aldoses, dialdoses, aldoketoses, ketoses, diketoses, deoxy sugars, amino sugars, their derivatives, compound has a (potential) carbonyl group.[Monosaccharides]
    • CAS C5~

これまでの検討

  • BH13.13においてKNApSAcK, Flavonoid DatabaseのWURCSへの変換を実施したが、変換結果を見ると”単糖なのか?”という構造が含まれていた。 BH13.13/glycodb
個人用ツール