天然物/単糖

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(既存の定義)
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= 既存の定義 =
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* Carbohydrate[[http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/2carb/00n01.html IUPAC-IUBMB]]
* Carbohydrate[[http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/2carb/00n01.html IUPAC-IUBMB]]
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** IUPAC C3~,  H-[CHOH]n-CHO or H-[CHOH]n-CO-[CHOH]m-H
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** IUPAC-IUBMB C3~,  H-[CHOH]n-CHO or H-[CHOH]n-CO-[CHOH]m-H
*** aldoses, dialdoses, aldoketoses, ketoses, diketoses, deoxy sugars, amino sugars, their derivatives, compound has a (potential) carbonyl group.[[http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/2carb/00n01.html#012 Monosaccharides]]
*** aldoses, dialdoses, aldoketoses, ketoses, diketoses, deoxy sugars, amino sugars, their derivatives, compound has a (potential) carbonyl group.[[http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/2carb/00n01.html#012 Monosaccharides]]
** CAS      C5~
** CAS      C5~

2014年10月28日 (火) 06:14時点における版

目次

メンバー

山田

単糖の定義再考

  • 単糖の定義を明確にしなければ、なにが糖鎖なのかも曖昧になってしまう。
  • 何が単糖なのか?は明確に定義されていない。曖昧でなんでも含んでしまう?
  • 既存の定義にしてもIUPACとCASで異なる。

何が問題か?

  • IUPACやCASでは、天然物の他に合成化合物も扱うため、様々な構造がある。例えば”C-グリコシド”であれば単糖のアノマー位に長鎖アルキルを持つものなどがある。
  • 現在のWURCSの単糖認識のルールでは、単糖に含めたくない構造も含んでしまう。これを何とかしたい。

既存の定義

  • Carbohydrate[IUPAC-IUBMB]
    • IUPAC-IUBMB C3~, H-[CHOH]n-CHO or H-[CHOH]n-CO-[CHOH]m-H
      • aldoses, dialdoses, aldoketoses, ketoses, diketoses, deoxy sugars, amino sugars, their derivatives, compound has a (potential) carbonyl group.[Monosaccharides]
    • CAS C5~

これまでの検討

  • BH13.13においてKNApSAcK, Flavonoid DatabaseのWURCSへの変換を実施したが、変換結果を見ると”単糖なのか?”という構造が含まれていた。 BH13.13/glycodb
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