天然物/単糖
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| - | ** aldoses, dialdoses, aldoketoses, ketoses, diketoses, deoxy sugars, amino sugars, their derivatives, compound has a (potential) carbonyl group.[[http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/2carb/00n01.html#012 | + | ** IUPAC C3~, H-[CHOH]n-CHO or H-[CHOH]n-CO-[CHOH]m-H |
| - | * CAS C5~ | + | *** aldoses, dialdoses, aldoketoses, ketoses, diketoses, deoxy sugars, amino sugars, their derivatives, compound has a (potential) carbonyl group.[[http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/2carb/00n01.html#012 IUPAC-IUBMB Monosaccharides]] |
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| + | * Glycolipids [[http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/misc/glylp.html IUPAC-IUB GL]] | ||
| + | * Glycoproteins, Glycopeptides and Peptidoglycans [[http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/misc/glycp.html IUPAC-IUB]] | ||
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* BH13.13においてKNApSAcK, Flavonoid DatabaseのWURCSへの変換を実施したが、変換結果を見ると”単糖なのか？”という構造が含まれていた。 [[BH13.13/glycodb]] | * BH13.13においてKNApSAcK, Flavonoid DatabaseのWURCSへの変換を実施したが、変換結果を見ると”単糖なのか？”という構造が含まれていた。 [[BH13.13/glycodb]] | ||
2014年10月28日 (火) 06:12時点における版
目次 |
メンバー
- 山田
単糖の定義再考
- 単糖の定義を明確にしなければ、なにが糖鎖なのかも曖昧になってしまう。
- 何が単糖なのか？は明確に定義されていない。曖昧でなんでも含んでしまう？
- 既存の定義にしてもIUPACとCASで異なる。
何が問題か？
- IUPACやCASでは、天然物の他に合成化合物も扱うため、様々な構造がある。例えば”C-グリコシド”であれば単糖のアノマー位に長鎖アルキルを持つものなどがある。
- 現在のWURCSの単糖認識のルールでは、単糖に含めたくない構造も含んでしまう。これを何とかしたい。
既存の定義
- Carbohydrate
- IUPAC C3~, H-[CHOH]n-CHO or H-[CHOH]n-CO-[CHOH]m-H
- aldoses, dialdoses, aldoketoses, ketoses, diketoses, deoxy sugars, amino sugars, their derivatives, compound has a (potential) carbonyl group.[IUPAC-IUBMB Monosaccharides]
- CAS C5~
- IUPAC C3~, H-[CHOH]n-CHO or H-[CHOH]n-CO-[CHOH]m-H
- Glycolipids [IUPAC-IUB GL]
- Glycoproteins, Glycopeptides and Peptidoglycans [IUPAC-IUB]
これまでの検討
- BH13.13においてKNApSAcK, Flavonoid DatabaseのWURCSへの変換を実施したが、変換結果を見ると”単糖なのか？”という構造が含まれていた。 BH13.13/glycodb
