天然物/単糖

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(単糖の定義再考)
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= 既存の定義 =
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* IUPAC C3~,  H-[CHOH]n-CHO or H-[CHOH]n-CO-[CHOH]m-H
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* Carbohydrate
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** aldoses, dialdoses, aldoketoses, ketoses, diketoses, deoxy sugars, amino sugars, their derivatives, compound has a (potential) carbonyl group.[[http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/2carb/00n01.html#012 2-Carb-1.2. Monosaccharides]]
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** IUPAC C3~,  H-[CHOH]n-CHO or H-[CHOH]n-CO-[CHOH]m-H
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* CAS      C5~
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*** aldoses, dialdoses, aldoketoses, ketoses, diketoses, deoxy sugars, amino sugars, their derivatives, compound has a (potential) carbonyl group.[[http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/2carb/00n01.html#012 IUPAC-IUBMB Monosaccharides]]
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** CAS      C5~
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* Glycolipids [[http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/misc/glylp.html IUPAC-IUB GL]]
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* Glycoproteins, Glycopeptides and Peptidoglycans [[http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/misc/glycp.html IUPAC-IUB]]
= これまでの検討 =
= これまでの検討 =
* BH13.13においてKNApSAcK, Flavonoid DatabaseのWURCSへの変換を実施したが、変換結果を見ると”単糖なのか?”という構造が含まれていた。 [[BH13.13/glycodb]]
* BH13.13においてKNApSAcK, Flavonoid DatabaseのWURCSへの変換を実施したが、変換結果を見ると”単糖なのか?”という構造が含まれていた。 [[BH13.13/glycodb]]

2014年10月28日 (火) 06:12時点における版

目次

メンバー

山田

単糖の定義再考

  • 単糖の定義を明確にしなければ、なにが糖鎖なのかも曖昧になってしまう。
  • 何が単糖なのか?は明確に定義されていない。曖昧でなんでも含んでしまう?
  • 既存の定義にしてもIUPACとCASで異なる。

何が問題か?

  • IUPACやCASでは、天然物の他に合成化合物も扱うため、様々な構造がある。例えば”C-グリコシド”であれば単糖のアノマー位に長鎖アルキルを持つものなどがある。
  • 現在のWURCSの単糖認識のルールでは、単糖に含めたくない構造も含んでしまう。これを何とかしたい。

既存の定義

  • Carbohydrate
    • IUPAC C3~, H-[CHOH]n-CHO or H-[CHOH]n-CO-[CHOH]m-H
      • aldoses, dialdoses, aldoketoses, ketoses, diketoses, deoxy sugars, amino sugars, their derivatives, compound has a (potential) carbonyl group.[IUPAC-IUBMB Monosaccharides]
    • CAS C5~

これまでの検討

  • BH13.13においてKNApSAcK, Flavonoid DatabaseのWURCSへの変換を実施したが、変換結果を見ると”単糖なのか?”という構造が含まれていた。 BH13.13/glycodb
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