天然物/単糖

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(単糖の定義再考)
(単糖の定義再考)
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* 何が単糖なのか?は明確に定義されていない。曖昧でなんでも含んでしまう?
* 何が単糖なのか?は明確に定義されていない。曖昧でなんでも含んでしまう?
* 既存の定義にしてもIUPACとCASで異なる。
* 既存の定義にしてもIUPACとCASで異なる。
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== 何が問題か? ==
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* IUPACやCASでは、天然物の他に合成化合物も扱うため、様々な構造がある。例えば”C-グリコシド”であれば単糖のアノマー位に長鎖アルキルを持つものなどがある。
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* 現在のWURCSの単糖認識のルールでは、単糖に含めたくない構造も含んでしまう。これを何とかしたい。
== 既存の定義 ==
== 既存の定義 ==
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** aldoses, dialdoses, aldoketoses, ketoses, diketoses, deoxy sugars, amino sugars, their derivatives, compound has a (potential) carbonyl group.[[http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/2carb/00n01.html#012 2-Carb-1.2. Monosaccharides]]
** aldoses, dialdoses, aldoketoses, ketoses, diketoses, deoxy sugars, amino sugars, their derivatives, compound has a (potential) carbonyl group.[[http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/2carb/00n01.html#012 2-Carb-1.2. Monosaccharides]]
* CAS      C5~
* CAS      C5~
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== 何が問題か? ==
 
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* IUPACやCASでは、天然物の他に合成化合物も扱うため、様々な構造がある。例えば”C-グリコシド”であれば単糖のアノマー位に長鎖アルキルを持つものなどがある。
 
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* 現在のWURCSの単糖認識のルールでは、単糖に含めたくない構造も含んでしまう。これを何とかしたい。
 
== これまでの検討 ==
== これまでの検討 ==
* BH13.13においてKNApSAcK, Flavonoid DatabaseのWURCSへの変換を実施したが、変換結果を見ると”単糖なのか?”という構造が含まれていた。 [[BH13.13/glycodb]]
* BH13.13においてKNApSAcK, Flavonoid DatabaseのWURCSへの変換を実施したが、変換結果を見ると”単糖なのか?”という構造が含まれていた。 [[BH13.13/glycodb]]

2014年10月28日 (火) 05:59時点における版

目次

単糖の定義再考

  • 単糖の定義を明確にしなければ、なにが糖鎖なのかも曖昧になってしまう。
  • 何が単糖なのか?は明確に定義されていない。曖昧でなんでも含んでしまう?
  • 既存の定義にしてもIUPACとCASで異なる。

何が問題か?

  • IUPACやCASでは、天然物の他に合成化合物も扱うため、様々な構造がある。例えば”C-グリコシド”であれば単糖のアノマー位に長鎖アルキルを持つものなどがある。
  • 現在のWURCSの単糖認識のルールでは、単糖に含めたくない構造も含んでしまう。これを何とかしたい。

既存の定義

  • IUPAC C3~, H-[CHOH]n-CHO or H-[CHOH]n-CO-[CHOH]m-H
    • aldoses, dialdoses, aldoketoses, ketoses, diketoses, deoxy sugars, amino sugars, their derivatives, compound has a (potential) carbonyl group.[2-Carb-1.2. Monosaccharides]
  • CAS C5~

これまでの検討

  • BH13.13においてKNApSAcK, Flavonoid DatabaseのWURCSへの変換を実施したが、変換結果を見ると”単糖なのか?”という構造が含まれていた。 BH13.13/glycodb
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