天然物/単糖

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= 単糖の定義再考 =
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* 何が単糖なのか?は明確に定義されていない。既存の定義にしてもIUPACとCASで異なる。
 
* 単糖の定義を明確にしなければ、なにが糖鎖なのかも曖昧になってしまう。
* 単糖の定義を明確にしなければ、なにが糖鎖なのかも曖昧になってしまう。
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* 何が単糖なのか?は明確に定義されていない。曖昧でなんでも含んでしまう?
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* 既存の定義にしてもIUPACとCASで異なる。
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== 既存の定義 ==
== 既存の定義 ==
* IUPAC C3~,  H-[CHOH]n-CHO or H-[CHOH]n-CO-[CHOH]m-H
* IUPAC C3~,  H-[CHOH]n-CHO or H-[CHOH]n-CO-[CHOH]m-H
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== これまでの検討 ==
== これまでの検討 ==
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* BH13.13においてKNApSAcK, Flavonoid DatabaseのWURCSへの変換を実施したが、変換結果を見ると”糖なのか?”という構造が含まれていた。 [[BH13.13/glycodb]]
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* BH13.13においてKNApSAcK, Flavonoid DatabaseのWURCSへの変換を実施したが、変換結果を見ると”単糖なのか?”という構造が含まれていた。 [[BH13.13/glycodb]]

2014年10月28日 (火) 05:58時点における版

目次

単糖の定義再考

  • 単糖の定義を明確にしなければ、なにが糖鎖なのかも曖昧になってしまう。
  • 何が単糖なのか?は明確に定義されていない。曖昧でなんでも含んでしまう?
  • 既存の定義にしてもIUPACとCASで異なる。

既存の定義

  • IUPAC C3~, H-[CHOH]n-CHO or H-[CHOH]n-CO-[CHOH]m-H
    • aldoses, dialdoses, aldoketoses, ketoses, diketoses, deoxy sugars, amino sugars, their derivatives, compound has a (potential) carbonyl group.[2-Carb-1.2. Monosaccharides]
  • CAS C5~

何が問題か?

  • IUPACやCASでは、天然物の他に合成化合物も扱うため、様々な構造がある。例えば”C-グリコシド”であれば単糖のアノマー位に長鎖アルキルを持つものなどがある。
  • 現在のWURCSの単糖認識のルールでは、単糖に含めたくない構造も含んでしまう。これを何とかしたい。

これまでの検討

  • BH13.13においてKNApSAcK, Flavonoid DatabaseのWURCSへの変換を実施したが、変換結果を見ると”単糖なのか?”という構造が含まれていた。 BH13.13/glycodb
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