天然物/単糖

提供:TogoWiki

(版間での差分)
移動: 案内, 検索
(単糖の定義再考)
(既存の定義)
3行: 3行:
* 単糖の定義を明確にしなければ、なにが糖鎖なのかも曖昧になってしまう。
* 単糖の定義を明確にしなければ、なにが糖鎖なのかも曖昧になってしまう。
== 既存の定義 ==
== 既存の定義 ==
-
* IUPAC C3~
+
* IUPAC C3~,  H-[CHOH]n-CHO or H-[CHOH]n-CO-[CHOH]m-H
 +
** aldoses, dialdoses, aldoketoses, ketoses, diketoses, deoxy sugars, amino sugars, their derivatives, compound has a (potential) carbonyl group.[[http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/2carb/00n01.html#012 2-Carb-1.2. Monosaccharides]]
* CAS      C5~
* CAS      C5~
 +
== 何が問題か? ==
== 何が問題か? ==
* IUPACやCASでは、天然物の他に合成化合物も扱うため、様々な構造がある。例えば”C-グリコシド”であれば単糖のアノマー位に長鎖アルキルを持つものなどがある。
* IUPACやCASでは、天然物の他に合成化合物も扱うため、様々な構造がある。例えば”C-グリコシド”であれば単糖のアノマー位に長鎖アルキルを持つものなどがある。

2014年10月28日 (火) 05:56時点における版

目次

単糖の定義再考

  • 何が単糖なのか?は明確に定義されていない。既存の定義にしてもIUPACとCASで異なる。
  • 単糖の定義を明確にしなければ、なにが糖鎖なのかも曖昧になってしまう。

既存の定義

  • IUPAC C3~, H-[CHOH]n-CHO or H-[CHOH]n-CO-[CHOH]m-H
    • aldoses, dialdoses, aldoketoses, ketoses, diketoses, deoxy sugars, amino sugars, their derivatives, compound has a (potential) carbonyl group.[2-Carb-1.2. Monosaccharides]
  • CAS C5~

何が問題か?

  • IUPACやCASでは、天然物の他に合成化合物も扱うため、様々な構造がある。例えば”C-グリコシド”であれば単糖のアノマー位に長鎖アルキルを持つものなどがある。
  • 現在のWURCSの単糖認識のルールでは、単糖に含めたくない構造も含んでしまう。これを何とかしたい。

これまでの検討

  • BH13.13においてKNApSAcK, Flavonoid DatabaseのWURCSへの変換を実施したが、変換結果を見ると”糖なのか?”という構造が含まれていた。 BH13.13/glycodb
個人用ツール