天然物/単糖

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(何が問題か?)
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= 単糖の定義再考 =
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* 何が単糖なのか?は明確に定義されていない。既存の定義にしてもIUPACとCASで取り扱いが異なる。
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* 何が単糖なのか?は明確に定義されていない。既存の定義にしてもIUPACとCASで異なる。
* 単糖の定義を明確にしなければ、なにが糖鎖なのかも曖昧になってしまう。
* 単糖の定義を明確にしなければ、なにが糖鎖なのかも曖昧になってしまう。
== 既存の定義 ==
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* IUPAC
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* IUPAC C3~
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* CAS
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* CAS     C5~
== 何が問題か? ==
== 何が問題か? ==
* IUPACやCASでは、天然物の他に合成化合物も扱うため、様々な構造がある。例えば”C-グリコシド”であれば単糖のアノマー位に長鎖アルキルを持つものなどがある。
* IUPACやCASでは、天然物の他に合成化合物も扱うため、様々な構造がある。例えば”C-グリコシド”であれば単糖のアノマー位に長鎖アルキルを持つものなどがある。

2014年10月28日 (火) 05:43時点における版

目次

単糖の定義再考

  • 何が単糖なのか?は明確に定義されていない。既存の定義にしてもIUPACとCASで異なる。
  • 単糖の定義を明確にしなければ、なにが糖鎖なのかも曖昧になってしまう。

既存の定義

  • IUPAC C3~
  • CAS C5~

何が問題か?

  • IUPACやCASでは、天然物の他に合成化合物も扱うため、様々な構造がある。例えば”C-グリコシド”であれば単糖のアノマー位に長鎖アルキルを持つものなどがある。
  • 現在のWURCSの単糖認識のルールでは、単糖に含めたくない構造も含んでしまう。これを何とかしたい。

これまでの検討

  • BH13.13においてKNApSAcK, Flavonoid DatabaseのWURCSへの変換を実施したが、変換結果を見ると”糖なのか?”という構造が含まれていた。 BH13.13/glycodb
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