ウェブサービスマニフェストの開発とBioDBCore対応

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(BioHackathon 側から提案できそうなことについて)
 
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* 山崎千里
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* 金城玲
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* 村上勝彦
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これまでのBiohachathonで議論してきたガイドラインをBiocurationコミュニティに提案。
これまでのBiohachathonで議論してきたガイドラインをBiocurationコミュニティに提案。
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[[ファイル:OdaibaManifesuto@Biocuration2010.pdf]]
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== ウェブサービスガイドライン@Biohackathon2009 (REST&SOAP)  ==
== ウェブサービスガイドライン@Biohackathon2009 (REST&SOAP)  ==
* [http://togows.dbcls.jp/site/ja/rest.html 日本語(統合WS)]
* [http://togows.dbcls.jp/site/ja/rest.html 日本語(統合WS)]
*  [http://hackathon2.dbcls.jp/wiki/GuidelineForWebService 英語]
*  [http://hackathon2.dbcls.jp/wiki/GuidelineForWebService 英語]
== Tokyo manifesto@Biohackathon2010 (samart URI, RDF化)  ==
== Tokyo manifesto@Biohackathon2010 (samart URI, RDF化)  ==
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*  [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php?title=Tokyo_Manifest&action=edit&redlink=1 ドキュメント(準備中?)]
 
* [http://hackathon3.dbcls.jp/wiki/Data_Provider_Session Tokyo Manifesto and Data Provider Session]
* [http://hackathon3.dbcls.jp/wiki/Data_Provider_Session Tokyo Manifesto and Data Provider Session]
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= BioDBCore(ドラフト) =
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= BioDBCore(サイト・論文) =
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* サイト
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http://biocurator.org/biodbcore.shtml
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http://mibbi.org/index.php/Projects/BioDBCore
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* 論文
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[http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2010/11/17/nar.gkq1173.full Towards BioDBcore: a community-defined information specification for biological databases (2010) Nucleic Acids Res.]
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[http://database.oxfordjournals.org/content/2011/baq027.full?keytype=ref&ijkey=Rb7czMBRiuCjqJ4 Towards BioDBcore: a community-defined information specification for biological databases (2011) DATABASE]
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== BioHackathon 側から提案できそうなことについて==
== BioHackathon 側から提案できそうなことについて==
(金城)
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* データベースカタログ情報を共有するRDFフォーマットを議論しています[2011/05/25](山崎)
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2011年5月26日 (木) 08:59時点における最新版

目次

概要

  • Odaiba manifesto@Biocuration2010
  • ウェブサービスガイドライン@Biohackathon2009 (REST&SOAP)
  • Tokyo manifesto@Biohackathon2010 (URI, RDF)
  • Biocuration2010で提案されていた"BioDBCore"との連携?

メンバー

  • 中尾光輝
  • 片山俊明 ←宜しくお願いします
  • 山口敦子 ←宜しくお願いします
  • 山崎千里
  • 金城玲
  • 村上勝彦

TODO

"Odaiba manifesto"

これまでのBiohachathonで議論してきたガイドラインをBiocurationコミュニティに提案。

ファイル:OdaibaManifesuto@Biocuration2010.pdf

ウェブサービスガイドライン@Biohackathon2009 (REST&SOAP)

Tokyo manifesto@Biohackathon2010 (samart URI, RDF化)

BioDBCore(サイト・論文)

  • サイト

http://biocurator.org/biodbcore.shtml

http://mibbi.org/index.php/Projects/BioDBCore

  • 論文

Towards BioDBcore: a community-defined information specification for biological databases (2010) Nucleic Acids Res.

Towards BioDBcore: a community-defined information specification for biological databases (2011) DATABASE

BioHackathon 側から提案できそうなことについて

(金城)

  • BioDBCore側はミニマルの情報とは何かというのを定義する。
  • 我々はその内容というよりはそれを提供するサービスの視点からの提案をするのが良いのでは?

というわけで、最低限こちら側から提案できそうなことは

  1. BioDBCoreが提案するチェックリストのOWLオントロジーを作る。
  2. データベースの各エントリにリンク可能なURIを作ることを要求する。

の2点くらいかな?

  • 2点目に関して、「エントリ」という概念のない(バイオ)DBは存在し得るのか?

(中尾)

  • ミニマルでないかもしれないけど、検討を提案したいこと
    • そのデータベースに関する論文があるなら、そのサイテーション情報
    • ライセンス
    • Term of Use のページアドレス
  • DATABASEやNAR DB Issueの場合は、フリーなものが前提なので、そぐわないかもしれない。

まとめ

  • データベースカタログ情報を共有するRDFフォーマットを議論しています[2011/05/25](山崎)
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