BH12.12/MEO

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MEO version 0.3の開発

MEOとは、Metagenome/Microbes Environmental Ontologyの略 微生物の生息環境を記述するためのオントロジー 詳しくは、MEO version 0.1の構築方法 を見て下さい。

以前のバージョンのMEOでは、EnvOのタームや階層構造に非常に依存していたMEO version 0.1の説明。

MEO version 0.1の階層構造

MEOStructure.png

しかしながら、EnvOの階層構造が微生物研究者が直感的に検索するには難しい等の問題(BioHackathon2012のOntologyページ)があった。 したがって、MEO version 0.3では階層構造を大幅に変えた。

MEO version 0.3?の階層構造

MEOv0.3.png

課題

  • wetland (湿原), mud (泥), rhizosphere (根圏) などの1階層目でうまく分けられないタームをどうするか? (複数親Class問題)
  • synonymの吸収

複数親Class問題

どちらのClassのSubClassにすべきかはユーザによって変わるので、エイヤッで分けるのはマズい。

  • AnnotationPropertyでmeo:inSubsetを定義

メインのClassはrdfs:subClassOfで定義し、サブのClassをmeo:inSubsetで定義 

   <owl:Class rdf:about="http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000065">
   <rdfs:label rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">mud</rdfs:label>
   <definition rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">A liquid or semi-liquid mixture of water and some combination of soil, silt, and clay.</definition>
   <rdfs:subClassOf>
     <owl:Class rdf:about="http://purl.jp/bio/11/meo/MEO_0000004"/>
   </rdfs:subClassOf>
   <inSubset rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">geosphere</inSubset>
   </owl:Class>

inSubSetは元々、OBOで使われていた。その議論については、Mapping between the OBO and OWL ontology languages

2013.03.14 とりあえず、mud, sediment, wetlandはgeosphereの中に入れておき、これをMEO version 0.3としてBioPortalに登録した。 MEO BioPortal 今後も複数親問題と人によって考える階層構造が違うという問題の解決策を考えていく。

メンバー

  • 川島
  • 岡本
  • 森
  • 山本希
  • 岩崎
「/mw/BH12.12/MEO」より作成