BH11.11/ヒト・環境メタゲノムメタデータのオントロジー整備とRDF化/GAZETTEERのOBOtoOWL変換に関して

オントロジーをmergeするためにGAZETTEERの拡張子を.oboから.owlに変換する必要がある。

OBO ReleaseManagerを使って GAZETTEER $Revision: 1.504 $ を.owlに変換しようとしたが、元のoboファイルにタイポ等の様々なミスが入っていたためエラーが出て変換できなかった。

以下の処理を行うことで.oboから.owlに変換できた。

xdef: ISO3166-2:GB-DOW

: tributary_of GAZ:00373187

: tributary_of GAZ:00397971

: tributary_of GAZ:00398623

: located_in GAZ:00014244

: located_in GAZ:00013739

: located_in GAZ:00014268

: located_in GAZ:00014276

: located_in GAZ:00014270

: located_in GAZ:00014278

: tributary_of GAZ:00405388

: tributary_of GAZ:00397175

・ comment"をcomment:に修正

・未定義だったinverse_of、transitive_overを[Typedef]にて定義

・ inverse_of:をrelationship: inverse_ofに置換

・ transitive_over:をrelationship: transitive_overに置換

・ elationship: located_in GAZ:00394667の行頭にrを足す

・ : michaelashburnerを　created_by: michaelashburnerに修正

・ vrelationship: tributary_of GAZ:00417311の行頭のvを取り除く

・ vsynonym: "Eluetako Erreka" EXACT SPELLING_VARIANT []の行頭のvを取り除く

・ vvvrelationship: tributary_of GAZ:00394568の行頭のvvvを取り除く

・ elationship: located_in GAZ:00001794の行頭にrを足す

・ crelationship: located_in GAZ:00029662の行頭のcを取り除く

・ rdef: "A bay on the E coast of Luing." [ISBN:0862415799]の行頭のrを取り除く