BH11.11/ヒト・環境メタゲノムメタデータのオントロジー整備とRDF化/ユースケース

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メタゲノムのメタデータを整理したDBのユースケース

  • 環境の大分類でまず検索し、その後絞り込み検索で階層をどんどん深く見ていく使用例
    • ヒト腸内細菌群集の平均的な系統組成、遺伝子組成は? その後絞り込み検索: 性別、年齢、国籍、病気の有無などのメタデータが異なるサンプルにおける、 系統組成、遺伝子組成の違いは?
    • 海水の細菌群集の平均的な系統組成、遺伝子組成は? 絞り込み検索 緯度経度、深さなどの違いは系統組成、遺伝子組成に影響を与えるか?
  • 環境の大分類が異なるメタゲノムデータ間の比較
    • 海水と土壌の細菌群集の系統組成、遺伝子組成の違いは?
    • ヒトと牛、ほ乳類と昆虫の腸内細菌群集の系統組成、遺伝子組成の違いは?
    • 自分の興味がある遺伝子がどの環境中から見つかるか? 環境の大まかな分類ごとに数を表示
    • 自分の興味がある系統がどの環境中から見つかるか? 環境の大まかな分類ごとに数を表示
  • メタデータの賢い検索
    • 入力: Seaで検索した場合、Ocean, coral reef, abyssなどもマッチして欲しい
    • 入力: Soilで検索した場合、clay, sandなどもマッチして欲しい
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