TPP-tabata

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研究開発課題名 植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築
研究代表者 田畑 哲之
所属・役職 かずさDNA研究所 所長
概   要 Plant Genome DataBase Japan (PGDBj)による植物ゲノムDBや関連情報の統合をさらに進めるため、遺伝子オルソログDB、植物リソースDB、DNAマーカーDBを拡充する。さらに、DB間連携、オントロジー整備、ゲノムアノテーション情報の高度化による横断検索の効率化を行なう。これにより、植物遺伝学研究や植物バイテク研究の加速、新品種育成への活用につながるDBの構築を目指す。

目次

参加メンバー

  • 平川英樹(かずさ)
  • 市原寿子(かずさ)
  •  :

検討課題

  • PGDBj の複数のコンテンツの RDF 化のための準備
  • 植物関連学会からの要請で植物のオントロジー整備を進めたい
  • 登録生物種リスト (taxonomy ID)
  • 植物関連データベースリンク集 → データベースカタログとの打ち合わせ
  • 植物遺伝マーカー、QTL、病害関連情報のRDF化のためのオントロジー調査
  • PO では足りない部分(英語ではあるが日本語にはないもの etc.)の補完が必要
  • 病害関連キュレーションにおいてフェノームデータベースと連携したい

SPARQLthon23(08/18)での取り組み

  • 植物統合DBにおけるオントロジー整備(主に2つ)
* 植物研究コミュニティからの要望による共通語彙の整備
 * 材料(モデル生物や作物・多年生物や一年生物)・実験系・学問背景などが多様
 * Plant Ontology Consortiumから毎年、各国の専門家に 専門用語の訳依頼(日本は遺伝研・山崎由紀子先生)
  * 日本植物関連学会で編纂している用語集の整備から開始
* 植物研究情報をコアとしたDB間情報検索機能の強化と拡張を目指したRDF化のための作業
 * RDF化・SPARQL検索の折に必要な述語とクラスの整備
  * 現在PGDBjでRDF化が進んでいる情報
   * オルソログDB(RefSeq77版)→ 基生研 千葉さん作成スクリプト
   * Disease curation → POCで紹介されているIDOPlant (plant disease extension of the Infectious Disease Ontology)を参考にRDF化準備

[DiseaseCuration ER図[1]]

SPARQLthon29(02/12-13)での取り組み

  • BH14.14で実施した作業の続き
* 植物関連学会ですすめている用語(辞書)整備のためのプラットフォーム作り
* 複数名での編集履歴が共有可能な作業プラットフォーム(→Wikiページ)
* 機能拡張モジュールが沢山提供されているMediaWikiを1.24.1を採用
* 国立情報学研究所から公開されているツールを利用
 * 辞書ファイルに基づき1用語あたり1Wikiページを生成できるツール「dicsync」
 * http://dictionpedia.ex.nii.ac.jp/index.php?FrontPage, 相澤彰子, 北本朝展, 2007
 * 開発者に連絡をとって、サンプルファイルを取得できるようになった
 * 本来設定に使用したいphpファイルを読み込ませるだけで画面に何も表示されなくなったりする状況
  * → phpの教科書で内容を確認しながら作業を進めている状態

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