TPP-kurokawa

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研究開発課題名 ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物DBの超高度化推進
研究代表者 黒川 顕
所属・役職 東京工業大学 地球生命研究所 教授
概   要 微生物統合DB「MicrobeDB.jp」を真菌類、藻類を対象として拡張するとともに、データの収集や更新の自動化など持続可能なシステムの構築、解析結果を提示するアプリケーション群(Stanza)の開発、また不特定多数のイノベータをも対象としたユーザビリティの向上などを徹底することで、単なる統計量の羅列ではなく、大規模データから新規知識発見を容易に引き出すことが可能なシステムを構築する。

参加メンバー

  • 森宙史(東工大)
  • 山本 希 (東工大)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 千葉啓和(基生研)
  • 西出浩世(基生研)

検討課題

  • データ更新の前に、どういうデータを新規に収集する必要があるか
  • 既存のゲノム RDF、メタゲノム RDF の構造やオントロジーを更新したい(リストアップから)
  • オーソログの真核対応
  • ゲノム RDF の真核対応
  • RNA-Seq のメタデータの RDF 化を検討 ← RefEx は微生物を対象にしていないので RDF 化を共通化出来るか検討
  • 微生物の RNA-Seq はめっちゃくちゃ増えている(しかもリファレンスゲノムがない)、単離したものとメタトランスと両方ある

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