SPARQLthon50/MBGD

提供:TogoWiki

移動: 案内, 検索
  • これまでに取り組んだスタンザの完成・まとめ
  • 組み込み

Todo

  • 表示確認・デバッグ
  • データのバージョン・パラメータの確認
  • 表示されるまでの時間を高速化
  • MicrobeDB論文化

目次

スタンザ開発・まとめ

一般公開関連スタンザ化、整理

  • taxon_to_specific_genes_on_chromosome
  • gene_content_comparison_between_taxa_on_chromosome
  • opencampus_d → taxon_to_specific_genes_with_positions
  • opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
  • specific_ratio →

リスト


MicrobeDBでの利用


Todo

  • MicrobeDBでは2015-01を利用中、2016-01(新データ・新モデル)でも動くように [1] [2]
  • スタンザでデフォルトパラメータを指定しておくには?

デバッグ

MicrobeDBの比較ゲノムでTaxonomy treeの表示がおかしい

  • taxonomyのバージョンが違うと、途中のtax_id, nameが変更されていることがある
  • UniProtからとってきたものを使うのはやめて、DDBJからとってきたものにした
  • 20160704 のバージョンをもらって、ロードした
  • 灰色の名前は消えるはず


taxon_to_specific_genes スタンザで、引数のtax_idによっては、エラーが表示されることがある

  • SPARQLで、division by zeroが発生していた
  • SPARQLに、zeroチェックを入れた
BIND (IF(?count_organism_all!=0, xsd:decimal(?count)/?count_organism_all, 0) AS ?ratio)
  • SPARQLが複雑に(サブクエリおよびBINDを含む)なったせいか、実行ができなくなってしまった
DEFINE sql:select-option "order"

で評価順序を固定にした

論文化

その他

有田さんとのdiscussion

  • オーソログ情報、標準化できるか?:重要
  • これまでに作ってきたアプリケーションと、組み合わせて利用したりできる


テンプレートライブラリ

  • Bioqueriesの利用ができるか
bioquery prefix:name | spang uniprot -

とか

spang uniprot =(bioquery prefix:name)

とかできるはず

個人用ツール